应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » NPT系综动力学
52/1返回列表
查看: 4341  |  回复: 19
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yida

木虫 (小有名气)

[求助] NPT系综动力学 已有1人参与

请教下有关NPT系综的问题，我建的体系是纳米金球和多糖的相互作用体系，纳米金球在盒子的中心，盒子内物质均未固定，盒子初始大小（80A,80A,80A），在采用NPT系综退火后盒子大小变为（77A,77A,77A）,接下来进行了3ns的NPT动力学，压力1atm，温度298K，结果见下图，盒子变得很小，为（45A,45A,45A）,并且多 糖跑到盒子外边去了，是模型建的有问题吗？NPT系综平衡的标志是什么啊？是不是体系大小不再变化啊？盒子为什么会变小啊？
多糖聚合物分子量很大，像这样用几个重复单元代替是不是有意义的？
在动力学的过程中观察到金球形状发生了变化，是否需要将金球固定？
根据水的密度和盒子内空余体积计算应加入16968个水分子，采用sorption加入16968个水分子后采用Discover进行动力学模拟是否可行？

initial.jpg



anneal result.jpg



3ns NPT result.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2013-04-08 20:28:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
19楼: Originally posted by 小龙也123 at 2014-09-11 11:05:24
你好 能给我发一段你退火那部分的程序么 我学习一下

我就直接操作的升温降温，没有程序，直接操作的
赞一下 回复此楼
20楼2014-09-11 20:47:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 20 个回答

stalart

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yida: 金币+5, ★有帮助, 多谢 2013-04-08 22:06:27
我有一次键画错了，当时没注意，出来的计算结果就是这样的。
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-08 20:54:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stalart at 2013-04-08 20:54:58
我有一次键画错了，当时没注意，出来的计算结果就是这样的。

谢谢，能不能具体说下怎么画错的？是单键和双键弄混了还是怎么回事？
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-08 22:07:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stalart

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
yida: 金币+2, ★有帮助 2013-04-09 08:44:42
ben_ladeng: 金币+1, 欢迎常来 2013-05-19 23:10:21
是金属原子误与碳原子直接相连
赞一下 回复此楼
4楼2013-04-09 05:19:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 20 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 求博导｜生物质基多孔碳/超级电容方向，已有相关成果，寻能源材料/碳材料方向老师 +3 猪猪人Zzz 2026-04-12 3/150 2026-04-17 19:10 by 阳阳阳^_^
[考研] 320求调剂 +4 深郊akm 2026-04-17 4/200 2026-04-17 17:32 by 一切OK
[考研] 一志愿沪9，326求生物学调剂 +11 刘墨墨 2026-04-13 11/550 2026-04-17 15:35 by wanganpin
[考研] 322求调剂 +6 tekuzu 2026-04-17 6/300 2026-04-17 13:48 by Espannnnnol
[考研] 300求调剂 +11 橙a777 2026-04-15 11/550 2026-04-16 22:43 by cfdbai
[考研] 307中医考研调剂 +6 于以采蘩 2026-04-14 6/300 2026-04-16 16:20 by qingfeng258
[考研] 297，工科调剂?河南农业大学本科 +14 河南农业大学-能 2026-04-14 14/700 2026-04-16 14:41 by dingyanbo1
[考研] 26药学专硕105500求调剂 +6 喽哈加油 2026-04-13 7/350 2026-04-16 14:31 by zhouxiaoyu
[考研] 085404 22408 309分求调剂 +9 lzmk 2026-04-14 10/500 2026-04-15 20:02 by 学员JpLReM
[考研] 生物学调剂 +9 纸扇zhishan 2026-04-13 9/450 2026-04-15 18:28 by AN流800
[考研] 调剂 +12 月@163.com 2026-04-11 12/600 2026-04-14 15:37 by zs92450
[考研] 085408光电信息工程专硕355一志愿长春光机所调剂 +6 王ymaa 2026-04-13 13/650 2026-04-14 11:33 by 王ymaa
[考研] 2026硕士调剂_能动_河南农业大学 +4 河南农业大学-能 2026-04-12 4/200 2026-04-13 22:01 by bljnqdcc
[考研] 302求调剂 +10 易！? 2026-04-13 10/500 2026-04-13 19:04 by lbsjt
[考研] 339求调剂 +4 hanwudada 2026-04-12 4/200 2026-04-13 12:03 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿085802 323分求调剂 +13 drizzle_9 2026-04-12 14/700 2026-04-13 10:26 by Faiz5552
[考研] 0831一轮调剂失败求助 +10 小熊睿睿_s 2026-04-11 10/500 2026-04-12 22:43 by 长弓傲
[考研] 291求调剂 +8 关忆北. 2026-04-11 8/400 2026-04-12 09:32 by 逆水乘风
[考研] 331求调剂 +5 王国帅 2026-04-11 5/250 2026-04-11 22:56 by 溪涧流水
[考研] 352 求调剂 +6 yzion 2026-04-11 8/400 2026-04-11 16:24 by 明月此时有
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭