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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » NPT系综动力学
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yida

木虫 (小有名气)

[求助] NPT系综动力学 已有1人参与

请教下有关NPT系综的问题，我建的体系是纳米金球和多糖的相互作用体系，纳米金球在盒子的中心，盒子内物质均未固定，盒子初始大小（80A,80A,80A），在采用NPT系综退火后盒子大小变为（77A,77A,77A）,接下来进行了3ns的NPT动力学，压力1atm，温度298K，结果见下图，盒子变得很小，为（45A,45A,45A）,并且多 糖跑到盒子外边去了，是模型建的有问题吗？NPT系综平衡的标志是什么啊？是不是体系大小不再变化啊？盒子为什么会变小啊？
多糖聚合物分子量很大，像这样用几个重复单元代替是不是有意义的？
在动力学的过程中观察到金球形状发生了变化，是否需要将金球固定？
根据水的密度和盒子内空余体积计算应加入16968个水分子，采用sorption加入16968个水分子后采用Discover进行动力学模拟是否可行？

initial.jpg



anneal result.jpg



3ns NPT result.jpg
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1楼 2013-04-08 20:28:37
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by voleyes at 2013-05-17 14:14:48
是的，你可以算一下金原子和多糖原子之间的作用能，看是否为0，当然如果设置电荷的话会有静电作用能。
DL_POLY是免费的，需要在Linux上运行，力场参数可以从文献里找吧...

做糖分析的不多，别的化合物（比如蛋白质）中某个原子的力场参数可以用到糖里吗？
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18楼2014-03-25 09:36:51
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stalart

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yida: 金币+5, ★有帮助, 多谢 2013-04-08 22:06:27
我有一次键画错了，当时没注意，出来的计算结果就是这样的。
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2楼2013-04-08 20:54:58
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stalart at 2013-04-08 20:54:58
我有一次键画错了，当时没注意，出来的计算结果就是这样的。

谢谢，能不能具体说下怎么画错的？是单键和双键弄混了还是怎么回事？
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3楼2013-04-08 22:07:41
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stalart

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
yida: 金币+2, ★有帮助 2013-04-09 08:44:42
ben_ladeng: 金币+1, 欢迎常来 2013-05-19 23:10:21
是金属原子误与碳原子直接相连
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4楼2013-04-09 05:19:55
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