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NPT系综动力学 已有1人参与
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请教下有关NPT系综的问题，我建的体系是纳米金球和多糖的相互作用体系，纳米金球在盒子的中心，盒子内物质均未固定，盒子初始大小（80A,80A,80A），在采用NPT系综退火后盒子大小变为（77A,77A,77A）,接下来进行了3ns的NPT动力学，压力1atm，温度298K，结果见下图，盒子变得很小，为（45A,45A,45A）,并且多 糖跑到盒子外边去了，是模型建的有问题吗？NPT系综平衡的标志是什么啊？是不是体系大小不再变化啊？盒子为什么会变小啊？ 多糖聚合物分子量很大，像这样用几个重复单元代替是不是有意义的？ 在动力学的过程中观察到金球形状发生了变化，是否需要将金球固定？ 根据水的密度和盒子内空余体积计算应加入16968个水分子，采用sorption加入16968个水分子后采用Discover进行动力学模拟是否可行？  initial.jpg  anneal result.jpg  3ns NPT result.jpg |
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16楼2013-05-19 20:16:07
stalart
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stalart
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