| 查看: 1881 | 回复: 7 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
zxy964777869铜虫 (正式写手)
|
[求助]
两层石墨pull mdp编写
|
|
|
gromacs版本4.5.5 模拟两层石墨在真空中的拉伸模拟，即我模拟两层石墨的质心距离移动的SMD模拟。采样方式拟定umbralla。mdp文件，输入文件和力场文件，输出文件都已打包。 pull部分的mdp设置如下： ; Pull code freezegrps = Chain_A Chain_B freezedim = Y Y Y Y Y N pull=umbrella pull_dim=N N Y pull_geometry=distance pull_group0=Chain_A ;reference pull_group1=Chain_B ;pull group pull_ngroups=1 ; pull_start = yes pull_rate1 =0.04 ;0.04nm per ps 25ps * 0.04 pull_k1 = 1000 代码解释：SMD模拟中两层石墨烯。一层固定，另一层pull,在index文件中体现层数的控制。 但是最后观看轨迹文件发现一层石墨固定不动，另一层石墨烯逐渐远离，但是远离的那层石墨烯层内发生了distortion.但是我想让两层石墨都保持平面。我查看了gromacs的maillist ，里面的http://gromacs.5086.n6.nabble.co ... ates-td4446832.html对此进行了讨论，但似乎没给出一个明确的解决办法。 不知各位MD大侠可否指点1,2.附：我也看过Sobereva元老的在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程的文章。我一直疑惑是否需要对石墨另外加restraints来保持平面还是修改二面角参数认为的使其保持平面性？现在我也在测试各种可能的pull方式。 再附一篇模拟双层石墨烯PMF的文献：Nanoscale, 2013, 5, 2765–2775 。欢迎讨论，不管最后答案正确与否。 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : graphitevacuumpull.zip
2013-04-04 20:23:43, 301.39 K
» 猜你喜欢
博士申请都是内定的吗？
已经有9人回复
-
博士读完未来一定会好吗
已经有34人回复
-
心脉受损
已经有8人回复
-
之前让一硕士生水了7个发明专利，现在这7个获批发明专利的维护费可从哪儿支出哈？
已经有9人回复
-
读博
已经有5人回复
-
投稿精细化工
已经有4人回复
-
导师想让我从独立一作变成了共一第一
已经有9人回复
-
Springer期刊投稿求助
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
zxy964777869
铜虫 (正式写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 19.5
- 散金: 2246
- 红花: 8
- 帖子: 500
- 在线: 900.3小时
- 虫号: 1355217
- 注册: 2011-07-25
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
7楼2013-04-10 15:31:43
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2013-04-06 09:05:27
zxy964777869: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-04-06 11:11:52
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2013-04-06 09:05:27
zxy964777869: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-04-06 11:11:52
|
我觉得石墨层比较大的时候，就会出现distorsion而偏离平面结构。 你可以跑一个单层石墨的MD without any constraints，看看是否出现distorsion。 如果出现distorsion，说明你的模拟是正确的，在umbrella sampling 中需要出现这些distorsion的构象，说明你的sampling space合理。 如果不出现distorsion，说明是constrain带来的影响，可以尝试减小k，或者在parameter file 中增大imptors 和dihedral 的力常数。这样做需要一定的标定过程。 |
2楼2013-04-06 04:33:08
zxy964777869
铜虫 (正式写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 19.5
- 散金: 2246
- 红花: 8
- 帖子: 500
- 在线: 900.3小时
- 虫号: 1355217
- 注册: 2011-07-25
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
|
单层石墨无constraints的时候是distorted的。我之前测试pull=constrain的时候，也是采用固定一层，另一层拉离的方式，也是出现pull_group1出现distortion.关于您说的“如果不出现distorsion，说明是constrain带来的影响”，我可以理解成如果采用constrain的拉离方式，拉离力常数K取的比较大时，pull_group1是可以保持平面性的，对么？对于umbrella和constraint的一些知识，我了解的不是很多，也只是局限在manua上，只知道是在group0和group1之间加不同形式的限制势。 在做溶剂中的两层石墨的PMF曲线的时候，有些文献上说明石墨是fixed,见http://www.sciencedirect.com/sci ... 1979711006011#b0195 和http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/ja2048013我很疑惑文献中说的fixed，指的是SMD过程中将两层石墨全固定（明显行不通），还是在一个反应坐标window下固定两层石墨烯。所以同时我也在测试人为生成不同间距的两层的石墨烯，fixed all of them ,设置pull_rate=0，来得到PMF曲线。我也很疑惑这种方式计算的PMF和采用umbrella取样生成的不同反应坐标的构象（石墨层有distortion）进行PMF计算方式有何不同？不知 您是否做过相关方向的test,或者指点一二，不胜感激。 |
3楼2013-04-06 11:55:22
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zxy964777869: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-04-07 22:57:58
zxy964777869: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-04-07 22:57:58
|
像你所述单层石墨无constraints是distorted，说明distorion不是由于constraint造成的，很有可能distortion就是应该发生。 “如果单层石墨无constraints不出现distorsion，说明是constrain带来的影响” 意思是constraint越大，distorsion越厉害。 group0 所有原子fixed，所以不出现distorsion，group1是所有原子加上harminic constaint以保持质心得相对位置。原则上质心的平动与石墨的内部运动（如distorsion）是independent，所以constrain不应与distorsion有关。当然in practice， 两者也许会有一定的couple，但是你已经发现单层石墨无constraints仍出现distorsion，所以你的模拟应该是对的。 如果不放心的话，可以做下面的测试。 在constrain中 set k = 10， 100， 1000， 比较distorsion的程度。如果distorsion没有significantly difference，更说明了与constrain无关。 至于文献所说，“石墨是fixed” 我觉得是说其相对位置（即相对质心距离）固定，而不是石墨本身固定，因为需要石墨“动”起来，才能sampling |
4楼2013-04-07 10:51:39