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zxy964777869铜虫 (正式写手)
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[求助]
两层石墨pull mdp编写
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gromacs版本4.5.5 模拟两层石墨在真空中的拉伸模拟，即我模拟两层石墨的质心距离移动的SMD模拟。采样方式拟定umbralla。mdp文件，输入文件和力场文件，输出文件都已打包。 pull部分的mdp设置如下： ; Pull code freezegrps = Chain_A Chain_B freezedim = Y Y Y Y Y N pull=umbrella pull_dim=N N Y pull_geometry=distance pull_group0=Chain_A ;reference pull_group1=Chain_B ;pull group pull_ngroups=1 ; pull_start = yes pull_rate1 =0.04 ;0.04nm per ps 25ps * 0.04 pull_k1 = 1000 代码解释：SMD模拟中两层石墨烯。一层固定，另一层pull,在index文件中体现层数的控制。 但是最后观看轨迹文件发现一层石墨固定不动，另一层石墨烯逐渐远离，但是远离的那层石墨烯层内发生了distortion.但是我想让两层石墨都保持平面。我查看了gromacs的maillist ，里面的http://gromacs.5086.n6.nabble.co ... ates-td4446832.html对此进行了讨论，但似乎没给出一个明确的解决办法。 不知各位MD大侠可否指点1,2.附：我也看过Sobereva元老的在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程的文章。我一直疑惑是否需要对石墨另外加restraints来保持平面还是修改二面角参数认为的使其保持平面性？现在我也在测试各种可能的pull方式。 再附一篇模拟双层石墨烯PMF的文献：Nanoscale, 2013, 5, 2765–2775 。欢迎讨论，不管最后答案正确与否。 |
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2013-04-04 20:23:43, 301.39 K
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zxy964777869: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-04-07 22:57:58
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chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2013-04-06 09:05:27
zxy964777869: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-04-06 11:11:52
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zxy964777869
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