24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 6042  |  回复: 16
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

chenfeng0312

铜虫 (初入文坛)

[求助] 如何使用blast进行多序列两两比对

比如,我有四个核酸序列a b c d。现在需要两两比较他们的相似度。得出相似度的集合为:ab ac ad bc bd cd.
blast有没有这样的功能可以一次性做这些工作。
如果手工两两输入比较根本就做不完太多了。
我意思是,不管是网络版还是单机版,能不能直接输入a b c d,然后就得到所有两两比较的结果?
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jlliao514815

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wizardfan at 2013-04-05 05:34:11
这个目的的话,可能FASTA更合适。
BLAST是适合于针对数据库的比对

还是不知道怎么弄啊!
为科研而奋斗
15楼2013-05-20 17:24:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 谢谢提供思路 2013-04-05 05:34:29
chenfeng0312: 金币+10, 有帮助, 我现在就是用这样的方法。没办法,找不到其他的招了 2013-04-06 10:20:35
如果用blast的话,那就拿所有的序列构建数据库;然后再拿所用的序列去blast。再看最后的结果咯……
2楼2013-04-04 20:56:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这个目的的话,可能FASTA更合适。
BLAST是适合于针对数据库的比对
3楼2013-04-05 05:34:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dulei

木虫 (小有名气)

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 应助指数-1, 谢谢参与,不过看了那个工具的简介,好像不是楼主所要的功能,还是单一序列对多序列,请详细说明 2013-04-06 08:31:19
EBI的Clustal Omega可以实现。
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
输入fasta格式的序列名称和碱基序列。
4楼2013-04-05 19:48:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料相关专业344求调剂双非工科学校或课题组 +21 hualkop 2026-04-12 23/1150 2026-04-15 22:02 by hualkop
[考研] 求调剂 +11 小聂爱学习 2026-04-11 15/750 2026-04-15 21:57 by noqvsozv
[考研] 284求调剂 +21 让我上岸吧阿西 2026-04-09 21/1050 2026-04-15 21:53 by noqvsozv
[考研] 294求调剂 +8 淡然654321 2026-04-15 8/400 2026-04-15 21:47 by lbsjt
[考研] 求助调剂,跨调 +19 X十甫寸Y 2026-04-11 20/1000 2026-04-15 21:18 by cuisz
[考研] 272分材料子求调剂 +41 Loy0361 2026-04-10 54/2700 2026-04-14 18:00 by lhj2009
[考研] 各位老师好,求调剂,本科211,一志愿天津大学生物与医药学硕,差两名录取。 +11 路六六jjj 2026-04-13 11/550 2026-04-14 16:01 by zs92450
[考研] 366求调剂 +11 不知名的小卅 2026-04-11 11/550 2026-04-14 15:50 by zs92450
[考研] 一志愿中南大学 0855 机械 286 求调剂 +11 不会吃肉 2026-04-12 11/550 2026-04-13 21:59 by bljnqdcc
[考研] 290求调剂 +18 柯淮然 2026-04-12 20/1000 2026-04-13 12:56 by cyh—315
[考研] 344 材料专业 求调剂211 无地域要求 +8 hualkop 2026-04-11 8/400 2026-04-12 22:24 by fqwang
[考研] 346分,工科0854求调剂,专硕 +6 moser233 2026-04-12 7/350 2026-04-12 22:11 by fqwang
[考研] 295分求调剂 +13 ?要上岸? 2026-04-10 13/650 2026-04-12 15:37 by laoshidan
[考研] 359求调剂 +5 胃痉挛累了 2026-04-11 5/250 2026-04-11 19:55 by lbsjt
[考研] 材料与化工调剂 +12 否极泰来2026 2026-04-10 13/650 2026-04-11 00:28 by wangjihu
[考研] 化学工程与技术324调剂 +23 孙常华 2026-04-09 25/1250 2026-04-11 00:07 by 骑牛渡寒江
[考研] 263能源动力专硕求调剂 +3 加大号饭盒袋 2026-04-10 3/150 2026-04-10 22:23 by 286640313
[考研] 计算机类求调剂,22408-274分 +7 上岸de小虫 2026-04-09 8/400 2026-04-10 19:56 by fxue1114
[考研] 284求调剂 +9 让我上岸吧阿西 2026-04-09 11/550 2026-04-10 19:18 by 靖jing
[考研] 301求调剂 +5 149. 2026-04-10 5/250 2026-04-10 15:45 by 柴小白
信息提示
请填处理意见