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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 如何在CIF中添加氢键及其对称码？
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小木虫2007

[交流] 如何在CIF中添加氢键及其对称码？

#D H A D - H H...A D...A D - H...A symm(A)
#
C7 H7A S3 0.9699 2.8066 3.629(3) 143.02 4_455 yes
C10 H10B S3 0.9698 2.8362 3.750(3) 157.42 1_455 yes

我把以上氢键内容加入到CIF中后发现A级错误，需要核对纠正对称码，内容如下：

--------------
PLAT707
PLAT707 Type_1 Test for consistency of H-Bond D..A Distances and
Coordinates in CIF

This ALERT is generally related to incorrect symmetry codes. The symmetry
number s in the symmetry code s_pqr should correspond to the expression
for s in the CIF. Those expressions can be different for different
software packages. E.g. pasting H-bond table data generated with PLATON
into a CIF generated with SHELXL may raise this ALERT. Manual correction
of the symmetry code should be trivial.
-----------------------------


请问对称码应该加在什么位置，如何加，时间紧，我又太菜，好心朋友从上一个帖子找到CIF帮我加好20金币全部奉送。

[ Last edited by 小木虫2007 on 2007-9-13 at 19:26 ]
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1楼 2007-09-10 18:18:12
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soso800120

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
seasedoctor(金币+5,VIP+0):同样感谢你。请继续支持晶体版。谢谢。
你可以用platon 打开cif  然后calc H bond 可令
就出现对称吗了 呵呵
如果有问题 可以email给我 乐于效劳 呵呵
210309008@suda.edu.cn
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2007-09-10 18:27:13
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celerya

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
seasedoctor(金币+1,VIP+0):谢谢你的热情帮助。
小木虫2007(金币+10,VIP+0):谢谢，能告诉我这两个氢键的具体对称操作吗？
小木虫2007(金币+5,VIP+0):再次感谢，已接收！
小木虫2007(金币+3,VIP+0):谢谢保护隐私权和著作权!
就是第一个氢键的对称操作错了，详情见附件。

[ Last edited by celerya on 2007-9-15 at 14:38 ]
赞一下(17人) 回复此楼
静かな夏/铁打的硬盘流水的冰/几多天真的理想/几多找到是颓丧
3楼2007-09-10 20:01:26
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soso800120

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫2007(金币+2,VIP+0):谢谢
C7 H7A S3  0.97 2.81 3.629(3) 143 4_566 ?
C10 H10B S3  0.97 2.84 3.750(3) 157 1_455 ?

4_566   -1/2+x, 1/2-y, 1/2+z
1_455   -1+x, y, z
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2007-09-12 11:41:22
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