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Zr891002

金虫 (小有名气)

[求助] 水分子的分子动力学模拟中水分子跑出盒子已有1人参与

用discover做水分子的分子动力学模拟

1. AC建模1000h2o分子
2.能量最小化
3.用discover跑分子动力学,NPT做的!

为什么水分子会跑出盒子? 老师说跑出盒子就是没有使用周期性边界。但是AC建模不就是周期性边界吗?

而且我的模拟 分子的运动不是很明显。 我的水分子是用的compass力场,是不是力场有问题?  

大神们求教啊!~~愁死我啦!~~~~~~~~~~~
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加油,一定能成功
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explorer2250

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你用NPT系综,盒子当然会发生变化。NPT系综就是确定水分子数量,确定压强和温度,你的盒子当然会变化来符合NPT的值。你是用什么方式进行控温空压很重要。
11楼2014-07-22 10:49:42
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Zr891002

金虫 (小有名气)

大神们,帮忙啊!~~
加油,一定能成功
2楼2013-04-02 20:48:59
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yangwenbin99

铜虫 (小有名气)

我的也是同样问题,共同等待解答
3楼2013-04-03 08:32:55
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klaus1987

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-04-06 09:11:25
ac做的就是有盒子的,你看到分子外面的方框就是。
跑出盒子是正常的,盒子是周期性的,假设一个水分子从左边出去了,周期性就表示右边盒子里的一个水分子从对称的位置进来了,最后每个盒子里的水分子数量仍然恒定,只不过那个进来的水分子未显示而已。
4楼2013-04-03 10:58:33
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