24小时热门版块排行榜    

查看: 4016  |  回复: 10
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

Zr891002

金虫 (小有名气)

[求助] 水分子的分子动力学模拟中水分子跑出盒子 已有1人参与

用discover做水分子的分子动力学模拟

1. AC建模1000h2o分子
2.能量最小化
3.用discover跑分子动力学,NPT做的!

为什么水分子会跑出盒子? 老师说跑出盒子就是没有使用周期性边界。但是AC建模不就是周期性边界吗?

而且我的模拟 分子的运动不是很明显。 我的水分子是用的compass力场,是不是力场有问题?  

大神们求教啊!~~愁死我啦!~~~~~~~~~~~
回复此楼
加油,一定能成功
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

explorer2250

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你用NPT系综,盒子当然会发生变化。NPT系综就是确定水分子数量,确定压强和温度,你的盒子当然会变化来符合NPT的值。你是用什么方式进行控温空压很重要。
11楼2014-07-22 10:49:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

Zr891002

金虫 (小有名气)

大神们,帮忙啊!~~
加油,一定能成功
2楼2013-04-02 20:48:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangwenbin99

铜虫 (小有名气)

我的也是同样问题,共同等待解答
3楼2013-04-03 08:32:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

klaus1987

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-04-06 09:11:25
ac做的就是有盒子的,你看到分子外面的方框就是。
跑出盒子是正常的,盒子是周期性的,假设一个水分子从左边出去了,周期性就表示右边盒子里的一个水分子从对称的位置进来了,最后每个盒子里的水分子数量仍然恒定,只不过那个进来的水分子未显示而已。
4楼2013-04-03 10:58:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +3 cqwQDCxMcL3I 2026-09-29 4/200 2026-09-30 16:52 by Z9YWQ5EAO3qp
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 cqwQDCxMcL3I 2026-09-29 4/200 2026-09-30 16:45 by Z9YWQ5EAO3qp
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 cqwQDCxMcL3I 2026-09-29 6/300 2026-09-30 16:26 by Z9YWQ5EAO3qp
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 cqwQDCxMcL3I 2026-09-29 4/200 2026-09-30 13:35 by C3vABopYbZJS
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:54 by yCO1Ll7aHtsw
[博后之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 16:30 by etmYJ6d2rquH
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 16:03 by etmYJ6d2rquH
[考博] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 15:46 by etmYJ6d2rquH
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 4/200 2026-09-29 15:15 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 15:04 by etmYJ6d2rquH
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:30 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 7/350 2026-09-29 14:07 by etmYJ6d2rquH
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-29 13:50 by etmYJ6d2rquH
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 09:59 by JzYBbHIXWSrW
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:28 by ZvyPK8n6Nfki
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[找工作] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-28 22:32 by ez6fGg9abYaj
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:15 by ez6fGg9abYaj
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-28 19:08 by 9lS3ad5oOymn
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 18:51 by 9lS3ad5oOymn
信息提示
请填处理意见