| 查看: 484 | 回复: 0 | |||
相约南药木虫 (正式写手)
药物上将
|
[求助]
amber熵 计算报错
|
|
我在amber官网tutorial中，下载其给定的.protop和.mdcrd、mmpbsa.in文件，用mmpbsa.py 跑动力学，总是报错，其氨基酸数目：250。我们实验室服务器为4核PC机，总是出现以下错误： 1号服务器： l2039@ubuntu:~/1$ $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i /home/l2039/1/mmpbsa.in -o /home/l2039/1/RESULTS_MMPBSA-10.dat -sp /home/l2039/1/1err.solvated.prmtop -cp /home/l2039/1/complex.prmtop -rp /home/l2039/1/receptor.prmtop -lp /home/l2039/1/ligand.prmtop -y /home/l2039/1/1err_prod.mdcrd > progress.log Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed 2号服务器： han@ubuntu:~/shang-1$ $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i /home/han/shang-1/mmpbsa.in -o /home/han/shang-1/RESULTS_MMPBSA-10.dat -sp /home/han/shang-1/1err.solvated.prmtop -cp /home/han/shang-1/complex.prmtop -rp /home/han/shang-1/receptor.prmtop -lp /home/han/shang-1/ligand.prmtop -y /home/han/shang-1/1err_prod.mdcrd > progress.log FATAL: allocation failure in vector() FATAL: allocation failure in vector() FATAL: allocation failure in vector() FATAL: allocation failure in vector() 虽然提示这些错误，但依旧运行，不过所得到的结果文件 .dat中，提示没有进行熵的运算~ |
回复此楼» 猜你喜欢
085602调剂 初试总分335
已经有10人回复
-
081700学硕，323分，一志愿中国海洋大学求调剂学校
已经有12人回复
-
085410人工智能 初试316分 求调剂
已经有4人回复
-
285求调剂
已经有10人回复
-
353求调剂
已经有7人回复
-
求调剂
已经有7人回复
-
材料化工306分找合适调剂
已经有11人回复
-
调剂
已经有8人回复
-
工科求调剂
已经有13人回复
-
复试调剂
已经有5人回复
