| 查看: 496 | 回复: 0 | ||
相约南药木虫 (正式写手)
药物上将
|
[求助]
amber熵 计算报错
|
|
我在amber官网tutorial中，下载其给定的.protop和.mdcrd、mmpbsa.in文件，用mmpbsa.py 跑动力学，总是报错，其氨基酸数目：250。我们实验室服务器为4核PC机，总是出现以下错误： 1号服务器： l2039@ubuntu:~/1$ $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i /home/l2039/1/mmpbsa.in -o /home/l2039/1/RESULTS_MMPBSA-10.dat -sp /home/l2039/1/1err.solvated.prmtop -cp /home/l2039/1/complex.prmtop -rp /home/l2039/1/receptor.prmtop -lp /home/l2039/1/ligand.prmtop -y /home/l2039/1/1err_prod.mdcrd > progress.log Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed 2号服务器： han@ubuntu:~/shang-1$ $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i /home/han/shang-1/mmpbsa.in -o /home/han/shang-1/RESULTS_MMPBSA-10.dat -sp /home/han/shang-1/1err.solvated.prmtop -cp /home/han/shang-1/complex.prmtop -rp /home/han/shang-1/receptor.prmtop -lp /home/han/shang-1/ligand.prmtop -y /home/han/shang-1/1err_prod.mdcrd > progress.log FATAL: allocation failure in vector() FATAL: allocation failure in vector() FATAL: allocation failure in vector() FATAL: allocation failure in vector() 虽然提示这些错误，但依旧运行，不过所得到的结果文件 .dat中，提示没有进行熵的运算~ |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
评审感受-评审感受-评审感受
已经有18人回复
-
这年头没有找到涵评专家，还有中面上的可能吗
已经有10人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
青C资助名额大幅增加！
已经有14人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
风把牡丹吹跑了
已经有7人回复
-
教学课件你会给同学吗
已经有8人回复
-
26应届毕业生考博求助
已经有3人回复
-
重磅！青年科学基金项目（C类）资助增幅预计超过50%
已经有7人回复
精华III:
20