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相约南药木虫 (正式写手)
药物上将
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amber熵 计算报错
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我在amber官网tutorial中，下载其给定的.protop和.mdcrd、mmpbsa.in文件，用mmpbsa.py 跑动力学，总是报错，其氨基酸数目：250。我们实验室服务器为4核PC机，总是出现以下错误： 1号服务器： l2039@ubuntu:~/1$ $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i /home/l2039/1/mmpbsa.in -o /home/l2039/1/RESULTS_MMPBSA-10.dat -sp /home/l2039/1/1err.solvated.prmtop -cp /home/l2039/1/complex.prmtop -rp /home/l2039/1/receptor.prmtop -lp /home/l2039/1/ligand.prmtop -y /home/l2039/1/1err_prod.mdcrd > progress.log Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed 2号服务器： han@ubuntu:~/shang-1$ $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i /home/han/shang-1/mmpbsa.in -o /home/han/shang-1/RESULTS_MMPBSA-10.dat -sp /home/han/shang-1/1err.solvated.prmtop -cp /home/han/shang-1/complex.prmtop -rp /home/han/shang-1/receptor.prmtop -lp /home/han/shang-1/ligand.prmtop -y /home/han/shang-1/1err_prod.mdcrd > progress.log FATAL: allocation failure in vector() FATAL: allocation failure in vector() FATAL: allocation failure in vector() FATAL: allocation failure in vector() 虽然提示这些错误，但依旧运行，不过所得到的结果文件 .dat中，提示没有进行熵的运算~ |
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