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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请教HIP/HIE/HID代表什么意思
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major016

木虫 (著名写手)

[求助] 请教HIP/HIE/HID代表什么意思

如题。
下面这些又是什么意思？
（1）N HID NE2 & HIE ND1
（2）NH HIP ND1 & NE2
先谢谢了！
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1楼 2013-04-02 09:37:24
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
major016: 金币+8, ★★★很有帮助, 非常感谢！ 2013-04-02 11:02:13
major016: 金币+2, 谢谢 2013-04-26 11:58:04
HID HIE和HIP就是分别对应组氨酸的三种质子化状态。（1）HID就是指，组氨酸的ε位置上的氮原子被质子化；HIE值得是组氨酸的δ位置的氮原子被质子化。（2）HIP就好理解了，就是上面提到的两个位置的氮原子都被质子化。希望没记错，应该是这样的。
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努力的生活着
2楼2013-04-02 09:47:55
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-04-02 09:47:55
HID HIE和HIP就是分别对应组氨酸的三种质子化状态。（1）HID就是指，组氨酸的ε位置上的氮原子被质子化；HIE值得是组氨酸的δ位置的氮原子被质子化。（2）HIP就好理解了，就是上面提到的两个位置的氮原子都被质子化 ...

写完了我又看了一下，位置有可能说错了，但是大概的意思就是这样的。组氨酸在模拟过程中的不同表示，主要就是考虑它的质子化状态的不同。就是分三种情况来分别讨论。也就是δ，ε位上氮原子的不同质子化状态来区分组氨酸的三种不同形态的。
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努力的生活着
3楼2013-04-02 09:50:39
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jackyma

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
major016: 金币+8, ★★★很有帮助, 非常感谢！ 2013-04-02 11:02:29
major016: 金币+2, ★有帮助, 谢谢 2013-04-26 11:57:58
2楼说的没错，是HIS的三种质子化状态，
HID--δ位置N原子被质子化（通俗说就是多一个H原子）
HIE--ε位置N原子被质子化
HIP-- 两个位置都被质子化。
具体用哪个名字，要根据HIS在你的蛋白质中的pKa值和你的体系的pH值来确定。
一般情况下，pKa值小于pH值的情况下用HID或HIE，pKa值大于pH值的情况下用HIP。

给你一个网站可以评估残基周围的pKa值 http://propka.ki.ku.dk/
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4楼2013-04-02 10:51:11
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