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452201796

铁杆木虫 (小有名气)

[求助] 求助功能基因建库OTU划分 已有1人参与

小弟最近在做功能基因的系统发育树构建,一般16S OTU划分基本都是97%的相似度为标准,功能基因也是如此吗?

一般功能基因只是扩增了部分片段,我目前有300左右的正确克隆子,按97%的标准来划分OTU有150多个,这样庞大的系统发育树根本无法呈现,翻译成氨基酸之后建树改进不大,跪求大侠相助啊,小弟不甚感激!
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stay hungry,stay foolish,stay young,stay alive
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2012xin

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我现在也在做克隆文库,请问你是如何划分OTU的?谢谢
2楼2014-04-01 10:06:55
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452201796

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 2012xin at 2014-04-01 10:06:55
我现在也在做克隆文库,请问你是如何划分OTU的?谢谢

97%
3楼2014-04-01 10:52:12
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