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请教，如何在CIF中加上X-H...S and X-H...N氢键！
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请教，如何在CIF中加上X-H...S and X-H...N氢键，使用PLATON只找到X-H...S氢键，是否没找全，另外以下氢键数据是否偏大，数据见附件，谢谢！ #D H A D - H H...A D...A D - H...A symm(A) # C7 H7A S3 0.9699 2.8066 3.629(3) 143.02 4_455 yes C10 H10B S3 0.9698 2.8362 3.750(3) 157.42 1_455 yes 抱歉按照2楼的常规方法找不到氢键，C-H...S不是常规氢键。 [ Last edited by 小木虫2007 on 2007-9-13 at 19:34 ] |
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seasedoctor(金币+2,VIP+0):谢谢。你的水平和热情使得虫子都很喜欢你，呵呵。
小木虫2007(金币+4,VIP+0):多谢
seasedoctor(金币+2,VIP+0):谢谢。你的水平和热情使得虫子都很喜欢你，呵呵。
小木虫2007(金币+4,VIP+0):多谢
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应该只有X-H...S氢键，可以按照seasedoctor的意见去精修，键长键角没太大的问题 似乎找不到X-H...N 所以可用diamond来构建和计算，具体方法稍候给出 528 H-bond N1 5665031 H12A 38665031 2.978 529 H-bond N2 6555011 H10A 32655011 2.770 530 H-bond N2 6555011 H12A 38665031 2.965 531 H-bond N3 7555011 H4A 14655011 2.755 532 H-bond S1 2555011 H5B 18655011 2.999 533 H-bond S1 2555011 H9A 29555021 2.915 534 H-bond S1 2665031 H11B 36665031 2.994 535 H-bond S2 3555011 H11A 35665031 2.916 536 H-bond S3 4555011 H10B 33655011 2.836 537 H-bond S3 4665031 H7A 23555021 2.807 538 H-bond N5 9555011 H12A 38555011 2.087 539 H-bond S1 2555021 H11B 36555021 2.994 540 H-bond S1 2666031 H5B 18566031 2.999 541 H-bond S1 2666031 H9A 29555041 2.915 542 H-bond S1 2666031 H11B 36666031 2.994 543 H-bond S1 2555041 H11B 36555041 2.994 544 H-bond S2 3645021 H11A 35555041 2.916 545 H-bond S2 3666031 H11A 35556011 2.916 546 H-bond S2 3465041 H11A 35555021 2.916 547 H-bond S3 4655021 H7A 23666031 2.807 548 H-bond S3 4655021 H10B 33555021 2.836 549 H-bond S3 4655021 H14A 44555041 2.949 550 H-bond S3 4666031 H10B 33566031 2.836 551 H-bond H7A 23555011 S3 4455041 2.807 552 H-bond S3 4455041 H10B 33555041 2.836 553 H-bond S3 4455041 H14A 44555021 2.949 554 H-bond N1 5555021 H12A 38555021 2.978 555 H-bond N1 5666031 H12A 38666031 2.978 556 H-bond N1 5555041 H12A 38555041 2.978 557 H-bond N2 6645021 H12A 38555041 2.965 558 H-bond N2 6645021 H10A 32545021 2.770 559 H-bond N2 6666031 H10A 32566031 2.770 560 H-bond N2 6666031 H12A 38556011 2.965 561 H-bond N2 6465041 H12A 38555021 2.965 562 H-bond N2 6465041 H10A 32565041 2.770 563 H-bond N3 7655021 H4A 14555021 2.755 564 H-bond N3 7666031 H4A 14566031 2.755 565 H-bond N3 7455041 H4A 14555041 2.755 566 H-bond N4 8655011 H4A 14655011 2.083 567 H-bond N4 8655011 H10A 32655011 2.033 568 H-bond N4 8555021 H4A 14555021 2.083 569 H-bond N4 8566031 H4A 14566031 2.083 570 H-bond N4 8566031 H10A 32566031 2.033 571 H-bond N4 8555041 H4A 14555041 2.083 572 H-bond N5 9555021 H12A 38555021 2.087 573 H-bond N5 9666031 H12A 38666031 2.087 574 H-bond N5 9555041 H12A 38555041 2.087 575 H-bond N1 5556011 H12A 38556011 2.978 576 H-bond H12A 38666031 N2 6556011 2.965 577 H-bond S1 2556011 H11B 36556011 2.994 578 H-bond H11A 35666031 S2 3556011 2.916 579 H-bond H7A 23555041 S3 4556011 2.807 580 H-bond N1 5545021 H12A 38545021 2.978 581 H-bond H10A 32555041 N2 6455041 2.770 582 H-bond N2 6455041 H12A 38545021 2.965 583 H-bond H9A 29555011 S1 2545021 2.915 584 H-bond S1 2545021 H11B 36545021 2.994 585 H-bond H5B 18555041 S1 2455041 2.999 586 H-bond S2 3455041 H11A 35545021 2.916 587 H-bond N3 7645021 H4A 14545021 2.755 588 H-bond S1 2645021 H9A 29655011 2.915 589 H-bond S1 2645021 H5B 18545021 2.999 590 H-bond S3 4645021 H10B 33545021 2.836 591 H-bond S3 4555041 H7A 23655011 2.807 592 H-bond N3 7465041 H4A 14565041 2.755 593 H-bond S1 2465041 H9A 29566031 2.915 594 H-bond S1 2465041 H5B 18565041 2.999 595 H-bond S3 4555021 H7A 23566031 2.807 596 H-bond S3 4465041 H10B 33565041 2.836 597 H-bond N1 5565041 H12A 38565041 2.978 598 H-bond H10A 32555021 N2 6655021 2.770 599 H-bond N2 6655021 H12A 38565041 2.965 600 H-bond H5B 18555021 S1 2655021 2.999 601 H-bond H9A 29666031 S1 2565041 2.915 602 H-bond S1 2565041 H11B 36565041 2.994 603 H-bond S2 3655021 H11A 35565041 2.916 604 H-bond N4 8545021 H4A 14545021 2.083 605 H-bond N4 8545021 H10A 32545021 2.033 606 H-bond N5 9545021 H12A 38545021 2.087 607 H-bond N4 8565041 H4A 14565041 2.083 608 H-bond N4 8565041 H10A 32565041 2.033 609 H-bond N5 9565041 H12A 38565041 2.087 610 H-bond N5 9556011 H12A 38556011 2.087 611 H-bond N5 9665031 H12A 38665031 2.087 612 H-bond N4 8555021 H10A 32555021 2.033 613 H-bond N4 8555041 H10A 32555041 2.033 [ Last edited by douvei on 2007-9-8 at 16:25 ] |
4楼2007-09-08 16:23:56
seasedoctor
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2楼2007-09-08 10:08:07
imi1980
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