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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 请教，如何在CIF中加上X-H...S and X-H...N氢键！
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小木虫2007

[交流] 请教，如何在CIF中加上X-H...S and X-H...N氢键！

请教，如何在CIF中加上X-H...S and X-H...N氢键，使用PLATON只找到X-H...S氢键，是否没找全，另外以下氢键数据是否偏大，数据见附件，谢谢！

#D H A D - H H...A D...A D - H...A symm(A)
#
C7 H7A S3 0.9699 2.8066 3.629(3) 143.02 4_455 yes
C10 H10B S3 0.9698 2.8362 3.750(3) 157.42 1_455 yes


抱歉按照2楼的常规方法找不到氢键，C-H...S不是常规氢键。

[ Last edited by 小木虫2007 on 2007-9-13 at 19:34 ]
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1楼 2007-09-08 09:19:46
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seasedoctor

荣誉版主 (正式写手)
★
小木虫2007(金币+1,VIP+0):谢谢支持
在ins文件中加上两个命令
BONG $H
HTAB
然后xl一次
再在lst文件中找到所有的氢键，看看你的氢键是否完全。
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2楼2007-09-08 10:08:07
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imi1980

金虫 (小有名气)
你没有提供INS文件无法帮你补上H键数据，建议你按2楼的方法。
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3楼2007-09-08 12:48:52
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douvei

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
seasedoctor(金币+2,VIP+0):谢谢。你的水平和热情使得虫子都很喜欢你，呵呵。
小木虫2007(金币+4,VIP+0):多谢
应该只有X-H...S氢键，可以按照seasedoctor的意见去精修，键长键角没太大的问题

似乎找不到X-H...N
所以可用diamond来构建和计算，具体方法稍候给出
528        H-bond        N1        5665031        H12A        38665031        2.978
529        H-bond        N2        6555011        H10A        32655011        2.770
530        H-bond        N2        6555011        H12A        38665031        2.965
531        H-bond        N3        7555011        H4A        14655011        2.755
532        H-bond        S1        2555011        H5B        18655011        2.999
533        H-bond        S1        2555011        H9A        29555021        2.915
534        H-bond        S1        2665031        H11B        36665031        2.994
535        H-bond        S2        3555011        H11A        35665031        2.916
536        H-bond        S3        4555011        H10B        33655011        2.836
537        H-bond        S3        4665031        H7A        23555021        2.807
538        H-bond        N5        9555011        H12A        38555011        2.087
539        H-bond        S1        2555021        H11B        36555021        2.994
540        H-bond        S1        2666031        H5B        18566031        2.999
541        H-bond        S1        2666031        H9A        29555041        2.915
542        H-bond        S1        2666031        H11B        36666031        2.994
543        H-bond        S1        2555041        H11B        36555041        2.994
544        H-bond        S2        3645021        H11A        35555041        2.916
545        H-bond        S2        3666031        H11A        35556011        2.916
546        H-bond        S2        3465041        H11A        35555021        2.916
547        H-bond        S3        4655021        H7A        23666031        2.807
548        H-bond        S3        4655021        H10B        33555021        2.836
549        H-bond        S3        4655021        H14A        44555041        2.949
550        H-bond        S3        4666031        H10B        33566031        2.836
551        H-bond        H7A        23555011        S3        4455041        2.807
552        H-bond        S3        4455041        H10B        33555041        2.836
553        H-bond        S3        4455041        H14A        44555021        2.949
554        H-bond        N1        5555021        H12A        38555021        2.978
555        H-bond        N1        5666031        H12A        38666031        2.978
556        H-bond        N1        5555041        H12A        38555041        2.978
557        H-bond        N2        6645021        H12A        38555041        2.965
558        H-bond        N2        6645021        H10A        32545021        2.770
559        H-bond        N2        6666031        H10A        32566031        2.770
560        H-bond        N2        6666031        H12A        38556011        2.965
561        H-bond        N2        6465041        H12A        38555021        2.965
562        H-bond        N2        6465041        H10A        32565041        2.770
563        H-bond        N3        7655021        H4A        14555021        2.755
564        H-bond        N3        7666031        H4A        14566031        2.755
565        H-bond        N3        7455041        H4A        14555041        2.755
566        H-bond        N4        8655011        H4A        14655011        2.083
567        H-bond        N4        8655011        H10A        32655011        2.033
568        H-bond        N4        8555021        H4A        14555021        2.083
569        H-bond        N4        8566031        H4A        14566031        2.083
570        H-bond        N4        8566031        H10A        32566031        2.033
571        H-bond        N4        8555041        H4A        14555041        2.083
572        H-bond        N5        9555021        H12A        38555021        2.087
573        H-bond        N5        9666031        H12A        38666031        2.087
574        H-bond        N5        9555041        H12A        38555041        2.087
575        H-bond        N1        5556011        H12A        38556011        2.978
576        H-bond        H12A        38666031        N2        6556011        2.965
577        H-bond        S1        2556011        H11B        36556011        2.994
578        H-bond        H11A        35666031        S2        3556011        2.916
579        H-bond        H7A        23555041        S3        4556011        2.807
580        H-bond        N1        5545021        H12A        38545021        2.978
581        H-bond        H10A        32555041        N2        6455041        2.770
582        H-bond        N2        6455041        H12A        38545021        2.965
583        H-bond        H9A        29555011        S1        2545021        2.915
584        H-bond        S1        2545021        H11B        36545021        2.994
585        H-bond        H5B        18555041        S1        2455041        2.999
586        H-bond        S2        3455041        H11A        35545021        2.916
587        H-bond        N3        7645021        H4A        14545021        2.755
588        H-bond        S1        2645021        H9A        29655011        2.915
589        H-bond        S1        2645021        H5B        18545021        2.999
590        H-bond        S3        4645021        H10B        33545021        2.836
591        H-bond        S3        4555041        H7A        23655011        2.807
592        H-bond        N3        7465041        H4A        14565041        2.755
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594        H-bond        S1        2465041        H5B        18565041        2.999
595        H-bond        S3        4555021        H7A        23566031        2.807
596        H-bond        S3        4465041        H10B        33565041        2.836
597        H-bond        N1        5565041        H12A        38565041        2.978
598        H-bond        H10A        32555021        N2        6655021        2.770
599        H-bond        N2        6655021        H12A        38565041        2.965
600        H-bond        H5B        18555021        S1        2655021        2.999
601        H-bond        H9A        29666031        S1        2565041        2.915
602        H-bond        S1        2565041        H11B        36565041        2.994
603        H-bond        S2        3655021        H11A        35565041        2.916
604        H-bond        N4        8545021        H4A        14545021        2.083
605        H-bond        N4        8545021        H10A        32545021        2.033
606        H-bond        N5        9545021        H12A        38545021        2.087
607        H-bond        N4        8565041        H4A        14565041        2.083
608        H-bond        N4        8565041        H10A        32565041        2.033
609        H-bond        N5        9565041        H12A        38565041        2.087
610        H-bond        N5        9556011        H12A        38556011        2.087
611        H-bond        N5        9665031        H12A        38665031        2.087
612        H-bond        N4        8555021        H10A        32555021        2.033
613        H-bond        N4        8555041        H10A        32555041        2.033

[ Last edited by douvei on 2007-9-8 at 16:25 ]
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4楼2007-09-08 16:23:56
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douvei

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫2007(金币+3,VIP+0):多谢
现在附上具体的分析方法

[ Last edited by douvei on 2007-9-9 at 02:26 ]
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5楼2007-09-09 02:14:08
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shengershao

银虫 (正式写手)
一堆好人啊
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6楼2007-09-09 08:29:57
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celerya

木虫 (小有名气)
★
小木虫2007(金币+1,VIP+0):托您吉言
PLATON计算的结果IUCR都认的，这两个C-H...S都没有问题，应该没有X-H...N。
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静かな夏/铁打的硬盘流水的冰/几多天真的理想/几多找到是颓丧
7楼2007-09-09 09:46:20
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sunjunshan79

木虫 (正式写手)
把距离减小就有了，固定
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8楼2007-09-09 10:46:22
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armstrongliu

铜虫 (小有名气)

很好的材料

强烈推荐大家看看
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9楼2007-09-10 00:43:10
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douvei

金虫 (正式写手)
★
小木虫2007(金币+1,VIP+0):多谢
同意celerya的意见，但从那篇文献上看，他们错误地分析了氢键作用模式，令人感到诧异，用diamond进行分析只是从技术层面的分析，请仔细检查后方可使用！
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10楼2007-09-10 10:34:01
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