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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 倾家荡产，寻求甲烷水合物建模问题，我真的只有21个金币
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upc穆宁

新虫 (小有名气)

[求助] 倾家荡产，寻求甲烷水合物建模问题，我真的只有21个金币

我就是想在MS中建甲烷水合物的模型，这都不行吗，都好几天了头痛，我查到I型水合物的晶胞参数，但是按我的步骤体系中的原子数不对，和文献不一样，肯定是错了，大神走过路过就给看一下吧，就当攒rp吧，我真的把钱都悬赏出去了
PS:我的建模过程在附件中，您受累看一下
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    • 2013-03-29 11:45:55, 114.5 K

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1楼 2013-03-29 11:46:46
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tylgd2011

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-29 13:55:07
可以建立的呀，我刚才建立的，没问题的。至于C原子问题自己查阅相关文献吧。

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2楼2013-03-29 12:30:22
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upc穆宁

新虫 (小有名气)
我是按文献说的先确定氧原子的位置，按参数添加是440个，你是怎么添加的，另外我添加完氧原子后，氢原子是按自动加氢生成的，你也是一步步添加的？而且你的氧原子是368个但是氢原子是1472个，他们应该是2倍关系，构成水分子呀？你先告诉我氧原子是不是这样加的......
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3楼2013-03-29 15:02:43
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upc穆宁

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tylgd2011 at 2013-03-29 12:30:22
可以建立的呀，我刚才建立的，没问题的。至于C原子问题自己查阅相关文献吧。

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...

我刚才又重新试验了一遍，建好之后我右键用display style 看是440个氧原子，然后用你这个symmetry system看是368个氧原子，到底有什么区别，
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4楼2013-03-29 16:20:56
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tylgd2011

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

具体区别我也不太清楚，你最好照着相关文献逐个添加原子，不要自动加H，我以前也看过甲烷水合物相关文献，但是在建模在方面我没有仔细看，添加原子的时候你看看是选择分数坐标还是笛卡尔坐标，选择不同结果肯定不同，你看的那个甲烷水合物有没有给出分子式？
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5楼2013-03-29 17:05:56
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upc穆宁

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by tylgd2011 at 2013-03-29 17:05:56
具体区别我也不太清楚，你最好照着相关文献逐个添加原子，不要自动加H，我以前也看过甲烷水合物相关文献，但是在建模在方面我没有仔细看，添加原子的时候你看看是选择分数坐标还是笛卡尔坐标，选择不同结果肯定不同 ...

为什么不能自动加氢，能说一下原因吗？
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6楼2013-03-29 22:03:05
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必定有光

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by upc穆宁 at 2013-03-29 16:20:56
我刚才又重新试验了一遍，建好之后我右键用display style 看是440个氧原子，然后用你这个symmetry system看是368个氧原子，到底有什么区别，...

为什么我用里面的参数加上去的氢原子位置不对啊，一个氧上面有三四个氢原子，并且还有两个氢原子连在一起的，不符合氢键啊，求大神告之啊，万分感谢
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7楼2013-12-03 10:21:22
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蔡元浩

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 必定有光 at 2013-12-03 10:21:22
为什么我用里面的参数加上去的氢原子位置不对啊，一个氧上面有三四个氢原子，并且还有两个氢原子连在一起的，不符合氢键啊，求大神告之啊，万分感谢...

楼主，你好，我也是遇到了这种问题，不知道你最后实怎么解决的，望指导一下！谢谢
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机会总是留给有准备得人！
8楼2014-09-21 10:43:15
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