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upc穆宁

新虫 (小有名气)

[求助] 倾家荡产,寻求甲烷水合物建模问题,我真的只有21个金币

我就是想在MS中建甲烷水合物的模型,这都不行吗,都好几天了头痛,我查到I型水合物的晶胞参数,但是按我的步骤体系中的原子数不对,和文献不一样,肯定是错了,大神走过路过就给看一下吧,就当攒rp吧,我真的把钱都悬赏出去了
PS:我的建模过程在附件中,您受累看一下
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  • 2013-03-29 11:45:55, 114.5 K

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tylgd2011

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-29 13:55:07
可以建立的呀,我刚才建立的,没问题的。至于C原子问题自己查阅相关文献吧。

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2楼2013-03-29 12:30:22
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upc穆宁

新虫 (小有名气)

我是按文献说的先确定氧原子的位置,按参数添加是440个,你是怎么添加的,另外我添加完氧原子后,氢原子是按自动加氢生成的,你也是一步步添加的?而且你的氧原子是368个但是氢原子是1472个,他们应该是2倍关系,构成水分子呀?你先告诉我氧原子是不是这样加的......
3楼2013-03-29 15:02:43
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upc穆宁

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by tylgd2011 at 2013-03-29 12:30:22
可以建立的呀,我刚才建立的,没问题的。至于C原子问题自己查阅相关文献吧。

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...

我刚才又重新试验了一遍,建好之后我右键用display style 看是440个氧原子,然后用你这个symmetry system看是368个氧原子,到底有什么区别,
4楼2013-03-29 16:20:56
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tylgd2011

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

具体区别我也不太清楚,你最好照着相关文献逐个添加原子,不要自动加H,我以前也看过甲烷水合物相关文献,但是在建模在方面我没有仔细看,添加原子的时候你看看是选择分数坐标还是笛卡尔坐标,选择不同结果肯定不同,你看的那个甲烷水合物有没有给出分子式?
5楼2013-03-29 17:05:56
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upc穆宁

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by tylgd2011 at 2013-03-29 17:05:56
具体区别我也不太清楚,你最好照着相关文献逐个添加原子,不要自动加H,我以前也看过甲烷水合物相关文献,但是在建模在方面我没有仔细看,添加原子的时候你看看是选择分数坐标还是笛卡尔坐标,选择不同结果肯定不同 ...

为什么不能自动加氢,能说一下原因吗?
6楼2013-03-29 22:03:05
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必定有光

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by upc穆宁 at 2013-03-29 16:20:56
我刚才又重新试验了一遍,建好之后我右键用display style 看是440个氧原子,然后用你这个symmetry system看是368个氧原子,到底有什么区别,...

为什么我用里面的参数加上去的氢原子位置不对啊,一个氧上面有三四个氢原子,并且还有两个氢原子连在一起的,不符合氢键啊,求大神告之啊,万分感谢
7楼2013-12-03 10:21:22
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蔡元浩

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 必定有光 at 2013-12-03 10:21:22
为什么我用里面的参数加上去的氢原子位置不对啊,一个氧上面有三四个氢原子,并且还有两个氢原子连在一起的,不符合氢键啊,求大神告之啊,万分感谢...

楼主,你好,我也是遇到了这种问题,不知道你最后实怎么解决的,望指导一下!谢谢
机会总是留给有准备得人!
8楼2014-09-21 10:43:15
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