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zhl1987091

木虫 (小有名气)

[求助] 又是一个问题,关于二面角的???

我做聚合物扭转角分析,不会做,在小木虫找到了这个(如图一),我就依样做下去,然后又遇到了这个(如图二),都是前人遇到过的,我该怎么办??求指导!

QQ截图20130320094101.png



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追求卓越
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arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-03-21 14:39:26
用DS算二面角很简单的,直接在界面就可以定义,建议直接算的话,用structure里面的monitor的二面角,或者可以看看analysis的模块里面的分析。
2楼2013-03-20 15:39:32
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zhl1987091

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by arthurii at 2013-03-20 15:39:32
用DS算二面角很简单的,直接在界面就可以定义,建议直接算的话,用structure里面的monitor的二面角,或者可以看看analysis的模块里面的分析。

我怎么没有找到啊?我用的是materials studio 软件,你呢?
追求卓越
3楼2013-03-21 08:33:18
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arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2013-03-21 16:24:53
没用过MS,我用的是DS,但是感觉都会有吧,这种很简单的选项诶
4楼2013-03-21 13:48:29
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zhl1987091

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by arthurii at 2013-03-21 13:48:29
没用过MS,我用的是DS,但是感觉都会有吧,这种很简单的选项诶

哦!
5楼2013-03-21 15:53:28
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zhl1987091

木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+5, 鼓励一下~ 2013-03-26 09:37:33
自己提问自己解答:

具体用到Find Patterns dialog。先从长链中copy出4个C相连的结构,放在一个新的文件3D Atomistic文件中,或者手动画4个C相连的结构,保存,命名为dihedral.xsd。用工具箱中measure torsion来测定这4个C的dihedral angle的值,此时dihedral.xsd中出现torsion的值。保存dihedral.xsd,并选中这个dihedral的值,注意不要选择上原子。

调换到要测量dihedral angle的文件或者轨迹文件,用edit-->find pattens。在pattern document里选择dihedral.xsd,在match property里选择elementType,点击Find。然后所有含4个C的二面角的值都计算出来了,这需要时间。

用forcite-->analysis,此时按预设值, 点analyze即可,不用选择sets项,然后就会出来dihedral angle的分布图
追求卓越
6楼2013-03-25 22:09:16
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ccmm2008

金虫 (初入文坛)

???????:
6?: Originally posted by zhl1987091 at 2013-03-25 22:09:16
?????????????

???????Find Patterns dialog??????????copy??4??C??????????????????????3D Atomistic????У??????????4??C????????????棬?????dihedral.xsd???ù???????measure torsion?? ...

学习了
7楼2013-04-13 11:48:56
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