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gromacs 距离限制莫些原子的距离
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现在我有一个分子的文件 XCp 0.001 0.00 1 XCp 0.001 0.00 1 C 12.011 -0.10 1 H 1.00794 0.09 1 C 12.011 -0.10 1 H 1.00794 0.09 1 C 12.011 -0.10 1 H 1.00794 0.09 1 C 12.011 -0.10 1 H 1.00794 0.09 1 C 12.011 -0.10 1 H 1.00794 0.09 1 C 12.011 -0.10 1 H 1.00794 0.09 1 C 12.011 -0.10 1 H 1.00794 0.09 1 C 12.011 -0.10 1 H 1.00794 0.09 1 C 12.011 -0.10 1 H 1.00794 0.09 1 C 12.011 -0.10 1 H 1.00794 0.09 1 Fe 55.85 0.10 1 rigid 2 6 1 3 5 7 9 11 6 2 13 15 17 19 21 constraints 11 1 2 3.32 3 4 1.08 5 6 1.08 7 8 1.08 9 10 1.08 11 12 1.08 13 14 1.08 15 16 1.08 17 18 1.08 19 20 1.08 21 22 1.08 我自己在oplssa.ff中aminoacides.rtp添加一个新的残基，把需要的东西都写上，但是 rigid 2 6 1 3 5 7 9 11 6 2 13 15 17 19 21 constraints 11 1 2 3.32 3 4 1.08 5 6 1.08 7 8 1.08 9 10 1.08 11 12 1.08 13 14 1.08 15 16 1.08 17 18 1.08 19 20 1.08 21 22 1.08 这一部分我不知如何做，在rtp中直接写不对，想向大家请教一下，这一部分我应该如何写，在哪个文件中写，格式是什么，谢谢！ |
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2楼2013-03-17 11:00:26
简单回复
haixiawu3楼
2013-03-18 14:15
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jianana(金币+1): 谢谢参与
fyz72324楼
2013-03-20 10:51
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jianana(金币+1): 谢谢参与
