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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » gromacs 距离限制莫些原子的距离
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jianana

铁虫 (初入文坛)

[交流] gromacs 距离限制莫些原子的距离

现在我有一个分子的文件
XCp 0.001 0.00 1
XCp 0.001 0.00 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
Fe 55.85 0.10 1
rigid 2
6 1 3 5 7 9 11
6 2 13 15 17 19 21
constraints 11
1 2 3.32
3 4 1.08
5 6 1.08
7 8 1.08
9 10 1.08
11 12 1.08
13 14 1.08
15 16 1.08
17 18 1.08
19 20 1.08
21 22 1.08 我自己在oplssa.ff中aminoacides.rtp添加一个新的残基，把需要的东西都写上，但是
rigid 2
6 1 3 5 7 9 11
6 2 13 15 17 19 21
constraints 11
1 2 3.32
3 4 1.08
5 6 1.08
7 8 1.08
9 10 1.08
11 12 1.08
13 14 1.08
15 16 1.08
17 18 1.08
19 20 1.08
21 22 1.08
这一部分我不知如何做，在rtp中直接写不对，想向大家请教一下，这一部分我应该如何写，在哪个文件中写，格式是什么，谢谢！
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1楼 2013-03-17 10:51:03
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jianana

铁虫 (初入文坛)
希望得到大家的帮助！
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2楼2013-03-17 11:00:26
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haixiawu3楼
2013-03-18 14:15   回复  
jianana(金币+1): 谢谢参与
fyz72324楼
2013-03-20 10:51   回复  
jianana(金币+1): 谢谢参与
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