应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » gromacs 距离限制莫些原子的距离
41/1返回列表
查看: 566  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

jianana

铁虫 (初入文坛)

[交流] gromacs 距离限制莫些原子的距离

现在我有一个分子的文件
XCp 0.001 0.00 1
XCp 0.001 0.00 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
Fe 55.85 0.10 1
rigid 2
6 1 3 5 7 9 11
6 2 13 15 17 19 21
constraints 11
1 2 3.32
3 4 1.08
5 6 1.08
7 8 1.08
9 10 1.08
11 12 1.08
13 14 1.08
15 16 1.08
17 18 1.08
19 20 1.08
21 22 1.08 我自己在oplssa.ff中aminoacides.rtp添加一个新的残基，把需要的东西都写上，但是
rigid 2
6 1 3 5 7 9 11
6 2 13 15 17 19 21
constraints 11
1 2 3.32
3 4 1.08
5 6 1.08
7 8 1.08
9 10 1.08
11 12 1.08
13 14 1.08
15 16 1.08
17 18 1.08
19 20 1.08
21 22 1.08
这一部分我不知如何做，在rtp中直接写不对，想向大家请教一下，这一部分我应该如何写，在哪个文件中写，格式是什么，谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2013-03-17 10:51:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianana

铁虫 (初入文坛)
希望得到大家的帮助！
赞一下 回复此楼
2楼2013-03-17 11:00:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
haixiawu3楼
2013-03-18 14:15   回复  
jianana(金币+1): 谢谢参与
fyz72324楼
2013-03-20 10:51   回复  
jianana(金币+1): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 jianana 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭