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zxy964777869铜虫 (正式写手)
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[求助]
聚合物分子模型的构建
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最近在模拟聚合物，在构建分子模型上遇到一些麻烦，还请各位MD同仁不吝指教： 由于我模拟的是聚氟磺酸链，具体分子模型见图一。 由于该聚合物包含了四氟乙烯片段和聚氟硫氧乙烯醚支链，在用gromacs模拟的时候因为构建rtp的building block的时候分别指定了CF3-CF2-、-CF2CF2-、-CF2CF（O-CF2CF(CF3)-O-CF2-CF2-SO3-）、-CF2CF2（O-CF2CF(CF3)-O-CF2-CF2-SO3-）四个resname，但是在material studio中subunit好像只能指定一个名字，不知能不能在一个聚合物中按片段指定多个残基名字，否则的化我只能在生成的pdb文件中一个一个的修改其残基名（即pdb文件第四列），对于一个聚合物单链，通常包含上百个原子，这样做通常很浪费时间，不知大家有没有什么好的办法。MS默认的生成残基名称为MOL，不知可否在MS建立的聚合物模型中分段指定残疾名称。 我也知道VMD中可以修改残基名字，但不太清楚我这个体系应该怎么修改。  聚氟磺酸链的重复单元.jpg |
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zxy964777869
铜虫 (正式写手)
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2楼2013-03-15 16:19:59