| 查看: 1871 | 回复: 1 | ||
zxy964777869铜虫 (正式写手)
|
[求助]
聚合物分子模型的构建
|
|
最近在模拟聚合物，在构建分子模型上遇到一些麻烦，还请各位MD同仁不吝指教： 由于我模拟的是聚氟磺酸链，具体分子模型见图一。 由于该聚合物包含了四氟乙烯片段和聚氟硫氧乙烯醚支链，在用gromacs模拟的时候因为构建rtp的building block的时候分别指定了CF3-CF2-、-CF2CF2-、-CF2CF（O-CF2CF(CF3)-O-CF2-CF2-SO3-）、-CF2CF2（O-CF2CF(CF3)-O-CF2-CF2-SO3-）四个resname，但是在material studio中subunit好像只能指定一个名字，不知能不能在一个聚合物中按片段指定多个残基名字，否则的化我只能在生成的pdb文件中一个一个的修改其残基名（即pdb文件第四列），对于一个聚合物单链，通常包含上百个原子，这样做通常很浪费时间，不知大家有没有什么好的办法。MS默认的生成残基名称为MOL，不知可否在MS建立的聚合物模型中分段指定残疾名称。 我也知道VMD中可以修改残基名字，但不太清楚我这个体系应该怎么修改。  聚氟磺酸链的重复单元.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
面上项目filecode邪修
已经有6人回复
-
应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键
已经有14人回复
-
2026国自然放榜时间
已经有4人回复
-
关于代码变化问题，想知道的进来
已经有22人回复
-
这样的filecode谁见过
已经有21人回复
-
filecode与中标关系的预测
已经有5人回复
-
fileCode有新解读？
已经有18人回复
-
关于filecode，很负责任的告诉大家
已经有7人回复
-
【2027博士申请】纳米药物递送方向
已经有5人回复
-
关于豆爷回答的JTJC与%2F数量
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- DPD建立聚合物刷模型
已经有3人回复
- 聚合物的模型，退火和NPT,NVT要做到什么程度就能保证结构合理？
已经有4人回复
- 可视化软件怎么选择
已经有2人回复
- 西北农林科技大学2011国家自然科学基金中标清单
已经有16人回复
- 【参与讨论即送BB】复合材料纳米化
已经有33人回复
- 求助 怎样使用MS建立一个聚乳酸的高分子模型呢？
已经有6人回复
- 【求助】如何构建溶剂分子在聚酰亚胺中吸附的PI晶胞模型
已经有5人回复
- 【求助】甲基丙烯酸甲酯和甲基丙烯酸六氟丁酯的红外光谱
已经有5人回复
- 【求助】请教关于大分子与小分子的反应以及半结晶聚合物的建模
已经有10人回复
- 【讨论】有谁研究过聚合物共混的MC模拟中的弹簧格子模型？
已经有10人回复
zxy964777869
铜虫 (正式写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 9.5
- 散金: 2255
- 红花: 8
- 帖子: 501
- 在线: 900.4小时
- 虫号: 1355217
- 注册: 2011-07-25
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2013-03-15 16:19:59
20