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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 请问怎样才可以快速的讲距离矩阵转变为z矩阵坐标或者直角坐标体系？
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kanminbad

金虫 (小有名气)

[求助] 请问怎样才可以快速的讲距离矩阵转变为z矩阵坐标或者直角坐标体系？


实在没办法只得要自己写点小程序？
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1楼 2013-03-13 11:21:02
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用gaussview保存的时候有选项，默认的是write cartesians
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2楼2013-03-13 12:31:39
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kanminbad

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gmy1990 at 2013-03-13 12:31:39
用gaussview保存的时候有选项，默认的是write cartesians

我的意思是，譬如现在有个距离矩阵：
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
                   Distance matrix (angstroms):
                    1          2          3          4
     1  O    0.000000
     2  C    1.130000   0.000000
     3  H    2.208302   1.100000   0.000000
     4  H    2.399328   1.702939   1.300000   0.000000
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
怎么转换或计算成直角坐标系？
现成的软件最好。
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3楼2013-03-13 13:37:32
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

首先建立gaussview的输入文件，用ultraedit或者文本编辑器都行，file.com or file.gjf，然后gaussview打开保存的时候有选项write cartesian，笛卡尔坐标就是你要的直角坐标了
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4楼2013-03-13 14:14:26
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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kanminbad: 金币+2, ★有帮助, 专家就是专家，回答的不错，至于这个课题嘛。。。写程序其实不如用matlab处理简单吧？呵呵 2013-03-15 20:19:23
gmy1990: 金币+1 2013-03-15 21:27:40
本以为这个问题不太难，想着可以动手写个程序试试看，分析后才发现，这个很有挑战性啊。
除了需要判断一些特殊无解的情况以外，还要考虑诸多的近似以及效率问题，所以简单搜了一下文献，
才发现这是个很不错的课题。。。推荐两篇文献你读读看吧。当然，有用的肯定不止这俩，提供个线索而已。
93年JCC的一篇Kentucky大学数学系的论文，Glunt,W., Hayden, T. L. and Raydan, M. J. Comput Chem. 14(1), 114–120.(1993),
以及03年JGO一篇Iowa大学生物系的论文，Dong, Q.; Wu, Z., J. Global Optimization 2002, 22, 365-375.
你看完了自己写个程序共享上来吧，
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
5楼2013-03-13 15:32:24
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wang_dan1990

木虫 (小有名气)

风筝

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
正如3楼所说，gaussianView就能做到。把你现有的Z坐标存成GaussianView的格式，（加上chk和命令行），在GaussianView中打开文件，再保存，这时候选择存为笛卡尔坐标，搞定了！
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6楼2013-03-14 08:13:33
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kanminbad

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gmy1990 at 2013-03-13 14:14:26
首先建立gaussview的输入文件，用ultraedit或者文本编辑器都行，file.com or file.gjf，然后gaussview打开保存的时候有选项write cartesian，笛卡尔坐标就是你要的直角坐标了

版主大人阿。。呵呵

你的意思我明白，只是我觉得你似乎没明白我的意思，
是distance matrix，不是z矩阵，

譬如上面的那个怎么输入呢？
俺是觉得有点儿迷糊了，无论如何，多谢多谢！
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7楼2013-03-15 20:18:24
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+3 2013-03-16 16:10:34
kanminbad: 金币+3, ★★★很有帮助, 多谢。。。sobereva真牛人也。。。话说这本书俺也看过，翻来一看，这章这节还做了记录，囧！ 2013-03-17 10:01:58
Molecular modelling Principles and applications 2ed(Leach A.R.)的9.5节对此有详细讨论
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8楼2013-03-15 22:09:18
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yanrding

金虫 (正式写手)
觉得sob实在是量化领域的百科全书。
不仅博览群书，而且还都记得。
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华北电力大学（北京）数理学院，计算化学，凝聚态物理。欢迎合作！招硕士/博士研究生，招老师。
9楼2013-03-16 20:29:09
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
光有距离还不够。例如，无法区分手性分子
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
10楼2013-03-16 21:53:32
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