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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs运行时itp文件语法出错
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何处re尘埃

铜虫 (初入文坛)

[求助] Gromacs运行时itp文件语法出错

[moleculetype]
; molname       exclusions
CPP       1

[ atoms ]
;id type resnr residu atom cgnr   charge
1    P5     1     ARG     BAS     1     0   
2    N0     1     ARG     SI1     2     0   
3    Qd     1     ARG     SI2     3     1.0   
4    P5     1     ARG     BAS     4     0   
5    N0     1     ARG     SI1     5     0   
6    Qd     1     ARG     SI2     6     1.0
7    P5     1     ARG     BAS     7     0   
8    N0     1     ARG     SI1     8     0   

Source code file: topio.c, line: 654

Fatal error:
Syntax error - File CPP.itp, line 1
Last line read:
'[moleculetype]'
Invalid order for directive moleculetype
求教是怎么回事啊
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1楼 2013-03-13 11:08:45
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

看这里：
http://www.gromacs.org/Documenta ... r_for_directive_xxx

检查你们的 .top  文件
看看.top  文件里有没有正确的引用 itp 文件，
#include
赞一下 回复此楼
4楼2013-03-19 21:28:43
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zxy964777869

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-03-13 20:19:29
何处re尘埃: 金币+5, ★有帮助, 不是这个问题，不过还是谢谢了 2013-03-19 15:40:31
中括号与moleculatype字段之间有一个空格。
如下：

[ moleculetype ]      ；两端各空出一个空格
; Name            nrexcl
Other               3
赞一下 回复此楼
2楼2013-03-13 16:50:44
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zxy964777869

铜虫 (正式写手)
★
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流，出一次这样的错误，对彼此都有警醒作用 2013-03-19 21:30:21
最近刚看了gromacs的error目录，楼主遇到的问题赫然在列，
，我也为我的无知感到不好意思。
赞一下 回复此楼
3楼2013-03-19 20:58:17
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cplove

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

月只蓝: 非应助，请勿选择应助回帖 2013-12-02 09:25:10
请问楼主 这个问题你解决了吗 怎么解决的啊？
赞一下 回复此楼
只有和高手比较才知道自己的无知！
5楼2013-12-01 20:30:27
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