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心蕊rxr

木虫 (小有名气)

[求助] 小女子比较菜,希望各位大侠详细描述,在此先谢过!

各位大侠,请教cif中各类错误应该如何修改,小女子比较菜,希望各位大侠详细描述,在此先谢过啊,多谢多谢!
PLAT220_ALERT_2_B Large Non-Solvent    C     Ueq(max)/Ueq(min) ...        5.7 Ratio
PLAT213_ALERT_2_C Atom C18             has ADP max/min Ratio .....        3.9 prola
PLAT222_ALERT_3_C Large Non-Solvent    H    Uiso(max)/Uiso(min) ..        6.5 Ratio   
PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF:   EU2    --  EU2     ..       3.93 Ang.
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
心蕊rxr: 金币+4 2013-03-11 20:22:27
你的这2个C类问题已经不是错误了,你把它们看得太严重了。
PLAT342_ALERT_3_C Low Bond Precision on  C-C Bonds ...............     0.0084 Ang
PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF:   EU2    --  EU2     ..       3.93 Ang
请看checkcif上关于C类问题的注解:ALERT level C = Check. Ensure it is not caused by an omission or oversight
其实许多C类问题仅仅是提出一些事实,引起你注意一下,让你检查一下是否有疏忽或者笔误,如果你没有疏忽或者笔误,就不需要修改它们,很正常。投稿时候编辑是不会问你这2个问题的。我是研究稀土的,知道EU2    --  EU2     ..       3.93 Ang是会发生的,不是错误。
老歪博
9楼2013-03-11 19:47:52
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
心蕊rxr: 金币+40, ★★★很有帮助, 帮助很大,错误基本消除,很有用! 2013-03-11 09:55:47
lijunjie84: 金币+1, 辛苦了! 2013-03-11 18:16:59
我试着回答你的这些问题。首先你的这些结构问题都不算严重,如果不是投结构类的期刊应该没有什么问题。
PLAT220_ALERT_2_B Large Non-Solvent    C     Ueq(max)/Ueq(min) ...        5.7 Ratio
可以尝试使用指令:simu 0.02 0.02 $C (前一个0.02 数值可以小幅改变,你自己尝试来做。后一个0.02 是误差,不需要改动。)
PLAT213_ALERT_2_C Atom C18             has ADP max/min Ratio .....        3.9 prola
可以尝试使用指令:isor 0.01  C18 (0.01可以变化到0.001,根据需要来进行改变。  )

PLAT222_ALERT_3_C Large Non-Solvent    H    Uiso(max)/Uiso(min) ..        6.5 Ratio   
如果是配位水上头的氢原子出现问题,请把ins文件中的H原子后面的热参数修改为-1.20000然后在精修。

PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF:   EU2    --  EU2     ..       3.93 Ang.
这个表明相邻的EU2    --  EU2比较短,实际上是正常的,不需要理会。你可以查一下这方面的文献,如果有发现稀土离子之间的距离在3.93 Ang就说明这个结果是正确的。当然即使没有相关的报道,你的这个结构中EU2    --  EU2     ..       3.93 Ang也不错误。

回答到此,抛砖引玉,其他的高手可能有更好的方法请指教。
老歪博
2楼2013-03-10 21:41:44
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心蕊rxr

木虫 (小有名气)

lijunjie84: 回帖置顶 2013-03-11 18:17:13
引用回帖:
2楼: Originally posted by p452_1 at 2013-03-10 21:41:44
我试着回答你的这些问题。首先你的这些结构问题都不算严重,如果不是投结构类的期刊应该没有什么问题。
PLAT220_ALERT_2_B Large Non-Solvent    C     Ueq(max)/Ueq(min) ...        5.7 Ratio
可以尝试使用指令 ...

哇,大侠回答的太详细了,第一个错误我按您给的指令错误还没有消除,后来我逐渐减小数值,变为simu 0.003 0.003 $C之后错误没有了,同时第二、第三个错误也消失了,不过又出现了另一个错误PLAT342_ALERT_3_C Low Bond Precision on  C-C Bonds ...............     0.0084 Ang ,是因为我把值改的太小了吗,可是不该笑还是会有错误;还有PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF:   EU2    --  EU2     ..       3.93 Ang.
这个错误要是消除有没有消除的办法呢?希望大侠您再次应助,感激不尽!
4楼2013-03-11 09:55:04
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心蕊rxr

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by quan3145 at 2013-03-10 22:15:15
祝福     祝福

多谢
5楼2013-03-11 09:58:10
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