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心蕊rxr木虫 (小有名气)
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小女子比较菜，希望各位大侠详细描述，在此先谢过！
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各位大侠，请教cif中各类错误应该如何修改，小女子比较菜，希望各位大侠详细描述，在此先谢过啊，多谢多谢！ PLAT220_ALERT_2_B Large Non-Solvent C Ueq(max)/Ueq(min) ... 5.7 Ratio PLAT213_ALERT_2_C Atom C18 has ADP max/min Ratio ..... 3.9 prola PLAT222_ALERT_3_C Large Non-Solvent H Uiso(max)/Uiso(min) .. 6.5 Ratio PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF: EU2 -- EU2 .. 3.93 Ang. |
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p452_1
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我试着回答你的这些问题。首先你的这些结构问题都不算严重，如果不是投结构类的期刊应该没有什么问题。 PLAT220_ALERT_2_B Large Non-Solvent C Ueq(max)/Ueq(min) ... 5.7 Ratio 可以尝试使用指令：simu 0.02 0.02 $C (前一个0.02 数值可以小幅改变，你自己尝试来做。后一个0.02 是误差，不需要改动。) PLAT213_ALERT_2_C Atom C18 has ADP max/min Ratio ..... 3.9 prola 可以尝试使用指令：isor 0.01 C18 (0.01可以变化到0.001，根据需要来进行改变。 ) PLAT222_ALERT_3_C Large Non-Solvent H Uiso(max)/Uiso(min) .. 6.5 Ratio 如果是配位水上头的氢原子出现问题，请把ins文件中的H原子后面的热参数修改为-1.20000然后在精修。 PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF: EU2 -- EU2 .. 3.93 Ang. 这个表明相邻的EU2 -- EU2比较短，实际上是正常的，不需要理会。你可以查一下这方面的文献，如果有发现稀土离子之间的距离在3.93 Ang就说明这个结果是正确的。当然即使没有相关的报道，你的这个结构中EU2 -- EU2 .. 3.93 Ang也不错误。 回答到此，抛砖引玉，其他的高手可能有更好的方法请指教。 |
2楼2013-03-10 21:41:44
| 祝福 祝福 |
3楼2013-03-10 22:15:15
心蕊rxr
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lijunjie84: 回帖置顶 2013-03-11 18:17:13
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哇，大侠回答的太详细了，第一个错误我按您给的指令错误还没有消除，后来我逐渐减小数值，变为simu 0.003 0.003 $C之后错误没有了，同时第二、第三个错误也消失了，不过又出现了另一个错误PLAT342_ALERT_3_C Low Bond Precision on C-C Bonds ............... 0.0084 Ang ，是因为我把值改的太小了吗，可是不该笑还是会有错误；还有PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF: EU2 -- EU2 .. 3.93 Ang. 这个错误要是消除有没有消除的办法呢？希望大侠您再次应助，感激不尽！  |
4楼2013-03-11 09:55:04
心蕊rxr
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ifent
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simu 是限制指令，在精修过程中，限制指令要尽量少的用。 你只需要对热振动比较大的原子进行限制，而不必将所有碳原子进行限制。 也就是说如果C1代表热振动过大的原子，C2代表与C1相连的热振动较小的原子，可以输入指令： simu C1 C2 精修几轮应该就可以了。 |
7楼2013-03-11 16:41:00
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心蕊rxr: 金币+4 2013-03-11 20:22:27
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你的这2个C类问题已经不是错误了，你把它们看得太严重了。 PLAT342_ALERT_3_C Low Bond Precision on C-C Bonds ............... 0.0084 Ang PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF: EU2 -- EU2 .. 3.93 Ang 请看checkcif上关于C类问题的注解：ALERT level C = Check. Ensure it is not caused by an omission or oversight 其实许多C类问题仅仅是提出一些事实，引起你注意一下，让你检查一下是否有疏忽或者笔误，如果你没有疏忽或者笔误，就不需要修改它们，很正常。投稿时候编辑是不会问你这2个问题的。我是研究稀土的，知道EU2 -- EU2 .. 3.93 Ang是会发生的，不是错误。 |
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