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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 从uniprot中下载的氨基酸序列的fasta格式中的PE,SV分别指什么
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anyachan

木虫 (小有名气)

[求助] 从uniprot中下载的氨基酸序列的fasta格式中的PE,SV分别指什么

如题，如果能详细地介绍使用uniprot和下载下来的格式都是什么就更好啦，谢谢
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1楼2013-03-10 16:17:01
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anyachan

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by wizardfan at 2013-03-11 08:45:26
不知道你要的什么格式，FTP上下载的dat的格式在http://web.expasy.org/docs/userman.html

谢谢你
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5楼2013-03-11 09:11:40
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myibm369

木虫 (正式写手)

~~~~~~~~~~~~~~~~~

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 帮助还是那么有效，继续保持 2013-03-11 08:46:13
anyachan: 金币+2, ★★★★★最佳答案 2013-03-11 09:10:24
UniProtKB

>db|UniqueIdentifier|EntryName ProteinName OS=OrganismName[ GN=GeneName]PE=ProteinExistence SV=SequenceVersion
Where:
db is 'sp' for UniProtKB/Swiss-Prot and 'tr' for UniProtKB/TrEMBL.
UniqueIdentifier is the primary accession number of the UniProtKB entry.
EntryName is the entry name of the UniProtKB entry.
ProteinName is the recommended name of the UniProtKB entry as annotated in the RecName field. For UniProtKB/TrEMBL entries without a RecName field, the SubName field is used. In case of multiple SubNames, the first one is used. The 'precursor' attribute is excluded, 'Fragment' is included with the name if applicable.
OrganismName is the scientific name of the organism of the UniProtKB entry.
GeneName is the first gene name of the UniProtKB entry. If there is no gene name, OrderedLocusName or ORFname, the GN field is not listed.
ProteinExistence is the numerical value describing the evidence for the existence of the protein.
SequenceVersion is the version number of the sequence.


Also, you can get more information by http://www.uniprot.org/help/
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2楼2013-03-10 20:58:27
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不知道你要的什么格式，FTP上下载的dat的格式在http://web.expasy.org/docs/userman.html
赞一下(2人) 回复此楼

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anyachan
3楼2013-03-11 08:45:26
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anyachan

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by myibm369 at 2013-03-10 20:58:27
UniProtKB

>db|UniqueIdentifier|EntryName ProteinName OS=OrganismNamePE=ProteinExistence SV=SequenceVersion
Where:
db is 'sp' for UniProtKB/Swiss-Prot and 'tr' for UniProtKB/TrEMBL.
UniqueIde ...

非常感谢！
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4楼2013-03-11 09:09:55
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