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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » CCDC索取的MOF的cif文件导入到MS中后显示的结构与文献中的不一致
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

[求助] CCDC索取的MOF的cif文件导入到MS中后显示的结构与文献中的不一致

最近向CCDC那边索要了一个ZIF-7的cif文件，但是在导入MS后发现结构与文献中的相差很大，而且有很多不合理的地方。一开始导入的时候结构中各个原子并没有成键，我用calculate bonds的功能让其成键，成键后发现里面有一些水分子存在，我将这部分原子删除后，又发现结构中的苯环和咪唑有问题，两个苯环或咪唑或者共用其中的两个原子，并呈一定角度，如下图所示。向大家请教一些，这种从CCDC中导入的结构应该怎么处理才能时其与文献报道的一致呢？
cif文件链接：
http://good.gd/2458964.htm
图片2.png
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  • 附件 1 : zif-7.cif
    • 2013-03-08 10:32:15, 14.48 K

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1楼 2013-03-08 10:33:03
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wangqing2002108

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-28 08:36:49
shiyiwenren: 金币+3, ★有帮助 2013-11-28 15:38:09
从CCDC上面下载的CIF文件最好不要用MS打开，用Diamond3.0可以打开的很好，也可以用CCDC网站提供的Mecury1.3软件打开
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13楼2013-11-28 08:01:03
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wangqing2002108

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
shiyiwenren: 金币+3, ★有帮助 2013-11-28 23:46:17
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-29 08:52:22
我没有用过MS，所以我不知道MS需要什么样格式的文件，我只是知道用Diamond3.2可以顺利打开cif文件，具体它能否把文件转换为其他楼主需要的格式，你可看看下图：
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15楼2013-11-28 17:36:24
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wangqing2002108

铁杆木虫 (职业作家)
看看这个图片中，另存为的文件格式中有没有你用着的
CCDC索取的MOF的cif文件导入到MS中后显示的结构与文献中的不一致
Diamond 3.2另存图片.png
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16楼2013-11-28 17:39:45
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