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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » genebank 提交序列时候，要一个 Assembly Method
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zcf46180

新虫 (初入文坛)

[求助] genebank 提交序列时候，要一个 Assembly Method

genebank 提交序列时候，要一个 Assembly Method ,请问这个Assembly Method具体是什么，一般填什么，乱填了一个，结果被打回来了。
We have received 5 sequence submission(s) from you with
the following information:

>            Assembly Method       :: CAP v. 3
>            Sequencing Technology :: 454

If your sequences represent computer-generated mRNA assemblies then
they should be resubmitted to the Transcriptome Shotgun Assembly (TSA)
database. The complete TSA submission instructions are below. If your
sequences are not computationally assembled then please let us know.  
We will delete your submissions from our database if we do not receive
a response from you by Mar 20, 2013.
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1楼 2013-03-08 09:08:37
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niil

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
Assembly Method：序列组装的方法
Sequencing Technology :测序的技术，如第一代测序，第二代测序

一般提交的基因是基本上是第一代测序得到的序列，通过片段重叠组装起来的。你填的454平台是第二代测序平台，是高通量的分析平台， 获得的原始数据通过计算机组装后得到unigenes，高通量的测序结果有专门的数据库TSA。
他们是问你的序列是不是 computer-generated mRNA assemblies，如果是的话就得提交到TSA。

这两两项不是必填答案。你可以回复序列不是computer-generated mRNA assemblies。省的麻烦了。
赞一下 回复此楼
Stop fighting,let it flow.
2楼2013-03-08 09:50:07
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