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shuaiblue

银虫 (小有名气)

[求助] 急!晶体中的结晶水数目与分子式的不符

我用降低空间群的方法解一个晶体,结构中有一个完整的结晶水(但是grow之后还是一个完整的,不是应该有两个结晶水了吗?),cif文件中的分子式显示的是2H2O,请大家帮忙解决一下,这是怎么回事?如何把另一个结晶水找出来呢?谢谢!
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ifent

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
shuaiblue: 金币+5 2013-03-04 21:44:47
grow 不出来没问题啊,你那个水是游离的吧,当然不会grow出来了.......
你的找出来是啥意思,如果只是画图的话,用对称操作就可以显示出来了。
2楼2013-03-04 16:49:53
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shuaiblue

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ifent at 2013-03-04 16:49:53
grow 不出来没问题啊,你那个水是游离的吧,当然不会grow出来了.......
你的找出来是啥意思,如果只是画图的话,用对称操作就可以显示出来了。

对啊!是游离水,我这是写论文呢,是为了画图,那这个对称操作我该怎么找呢?麻烦告诉我一下,很急!
3楼2013-03-04 21:44:33
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
shuaiblue: 金币+1 2013-03-05 08:37:03
有一个水分子很正常啊,grow不出来说明你的水分子没有在特殊位置上。 CIF文件给出的是整个unit cell 的contents。
你试试用pack估计就能看到两个水分子了。
学无止境
4楼2013-03-04 22:31:32
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tzeshyang

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
updayday: 金币+1, 感谢您的热心应助 2013-03-05 01:52:02
shuaiblue: 金币+5 2013-03-05 08:07:51
lst file里有Operators for generating equivalent atoms:
假设:$1   -x, -y+2, -z
在XP里, 键入symm
跳出
1555=......
2555= -x, -y, -z
3555=......
4555=......

算出 -x, -y+2, -z相应的symmetry operator, 这里的是2575, 因为2555= -x, -y, -z;-x, -y, -z 都代表5, 所以-x, -y+2, -z = 2575,

键入sgen 2575应该就ok了。
5楼2013-03-05 00:46:52
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ifent

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
updayday: 金币+1, 感谢您的热心应助 2013-03-05 01:52:20
shuaiblue: 金币+1 2013-03-05 08:37:09
4楼正解,不过如果不需要画XP图,不需要知道原子对称操作符号,就不用这么麻烦了。
在diamond等画图软件中,用pack模式,把不需要的删掉就可以了。
6楼2013-03-05 01:28:07
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shuaiblue

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by tzeshyang at 2013-03-05 00:46:52
lst file里有Operators for generating equivalent atoms:
假设:$1   -x, -y+2, -z
在XP里, 键入symm
跳出
1555=......
2555= -x, -y, -z
3555=......
4555=......

算出 -x, -y+2, -z相应的symmetry op ...

嗯!谢谢,我还想问一下一定是$1这个对称操作吗?怎么确定这个是哪个呢?
7楼2013-03-05 08:07:47
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tzeshyang

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
shuaiblue: 金币+5 2013-03-05 13:55:06
引用回帖:
7楼: Originally posted by shuaiblue at 2013-03-05 08:07:47
嗯!谢谢,我还想问一下一定是$1这个对称操作吗?怎么确定这个是哪个呢?...

如果有多个operators就一个一个试吧。operators应该也不会太多。其中之一的operator才会有你要的effect例如grow。maybe......
8楼2013-03-05 12:43:16
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shuaiblue

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by tzeshyang at 2013-03-05 12:43:16
如果有多个operators就一个一个试吧。operators应该也不会太多。其中之一的operator才会有你要的effect例如grow。maybe.........

嗯!也就是说这些对称操作都可以使我需要的水分子长出来是吗?
9楼2013-03-05 13:55:00
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tzeshyang

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
shuaiblue: 金币+3 2013-03-05 15:27:17
引用回帖:
9楼: Originally posted by shuaiblue at 2013-03-05 13:55:00
嗯!也就是说这些对称操作都可以使我需要的水分子长出来是吗?...

是的,试试吧。这个方法比较适合用在plot whole molecule。楼上也说了要看氢键的话, pack可以展示出整体。
10楼2013-03-05 15:08:35
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