应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » g_energy里面的一些能量项
51/1返回列表
查看: 4975  |  回复: 8
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

little_lion

木虫 (小有名气)

[求助] g_energy里面的一些能量项

我打算用g_energy算一下蛋白质与基地间的作用能，并且在md.mdp文件里定义了Protein和mem这两个energygrps。然后在g_energy分析能量的时候出来了如下选项：
Select the terms you want from the following list by
selecting either (part of) the name or the number or a combination.
End your selection with an empty line or a zero.
-------------------------------------------------------------------
  1  Angle            2  G96Angle         3  Proper-Dih.      4  Improper-Dih.
  5  LJ-14            6  Coulomb-14       7  LJ-(SR)          8  LJ-(LR)      
  9  Coulomb-(SR)    10  Coul.-recip.    11  Potential       12  Kinetic-En.   
13  Total-Energy    14  Conserved-En.   15  Temperature     16  Pressure-(bar)
17  Cons.-rmsd-()   18  Vir-XX          19  Vir-XY          20  Vir-XZ        
21  Vir-YX          22  Vir-YY          23  Vir-YZ          24  Vir-ZX        
25  Vir-ZY          26  Vir-ZZ          27  Pres-XX-(bar)   28  Pres-XY-(bar)
29  Pres-XZ-(bar)   30  Pres-YX-(bar)   31  Pres-YY-(bar)   32  Pres-YZ-(bar)
33  Pres-ZX-(bar)   34  Pres-ZY-(bar)   35  Pres-ZZ-(bar)   36  #Surf*SurfTen
37  Mu-X                                38  Mu-Y                              
39  Mu-Z                                40  Coul-SRrotein-Protein           
41  LJ-SRrotein-Protein               42  LJ-LRrotein-Protein            
43  Coul-14rotein-Protein             44  LJ-14rotein-Protein            
45  Coul-SRrotein-MEM                 46  LJ-SRrotein-MEM                 
47  LJ-LRrotein-MEM                   48  Coul-14rotein-MEM               
49  LJ-14rotein-MEM                   50  Coul-SRrotein-rest              
51  LJ-SRrotein-rest                  52  LJ-LRrotein-rest               
53  Coul-14rotein-rest                54  LJ-14rotein-rest               
55  Coul-SR:MEM-MEM                     56  LJ-SR:MEM-MEM                     
57  LJ-LR:MEM-MEM                       58  Coul-14:MEM-MEM                  
59  LJ-14:MEM-MEM                       60  Coul-SR:MEM-rest                  
61  LJ-SR:MEM-rest                      62  LJ-LR:MEM-rest                    
63  Coul-14:MEM-rest                    64  LJ-14:MEM-rest                    
65  Coul-SR:rest-rest                   66  LJ-SR:rest-rest                  
67  LJ-LR:rest-rest                     68  Coul-14:rest-rest                 
69  LJ-14:rest-rest                     70  T-System                          
71  Lamb-System   

求问高手哪个才是protein和mem间的库伦作用能，VDW作用能，以及总的非键作用能？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

我的科研室 力场

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2013-03-04 10:54:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

七七V

禁虫
本帖内容被屏蔽
9楼2021-03-19 18:15:38
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

little_lion

木虫 (小有名气)
oh shit, please substitute with ""
赞一下 回复此楼
2楼2013-03-04 10:57:35
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

spirte雷

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
Coul-库伦作用能，LJ-VDW作用能
赞一下 回复此楼
用心体验就好
3楼2013-03-06 18:36:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

旺仔小馒头01

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
little_lion: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 非常感谢 2013-03-08 14:15:58
一般用短程库伦作用能（Coul-SR）和短程范德华作用能（LJ-SR），即：
45  Coul-SR: Protein-MEM                 46  LJ-SR: Protein-MEM                 
来分别代表protein和mem之间的库伦作用能和VDW作用能，它们的和即为总的非键作用能。
注：LR是指长程作用能；14是指分子内的1—4相互作用能，就是用三根连续共价键连接的原子之间的作用能。
希望能对你有所帮助！！
赞一下(1人) 回复此楼
我也来这学习啦，希望大家多多指教。
4楼2013-03-08 11:08:13
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭