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little_lion木虫 (小有名气)
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[求助]
g_energy里面的一些能量项
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我打算用g_energy算一下蛋白质与基地间的作用能，并且在md.mdp文件里定义了Protein和mem这两个energygrps。然后在g_energy分析能量的时候出来了如下选项： Select the terms you want from the following list by selecting either (part of) the name or the number or a combination. End your selection with an empty line or a zero. ------------------------------------------------------------------- 1 Angle 2 G96Angle 3 Proper-Dih. 4 Improper-Dih. 5 LJ-14 6 Coulomb-14 7 LJ-(SR) 8 LJ-(LR) 9 Coulomb-(SR) 10 Coul.-recip. 11 Potential 12 Kinetic-En. 13 Total-Energy 14 Conserved-En. 15 Temperature 16 Pressure-(bar) 17 Cons.-rmsd-() 18 Vir-XX 19 Vir-XY 20 Vir-XZ 21 Vir-YX 22 Vir-YY 23 Vir-YZ 24 Vir-ZX 25 Vir-ZY 26 Vir-ZZ 27 Pres-XX-(bar) 28 Pres-XY-(bar) 29 Pres-XZ-(bar) 30 Pres-YX-(bar) 31 Pres-YY-(bar) 32 Pres-YZ-(bar) 33 Pres-ZX-(bar) 34 Pres-ZY-(bar) 35 Pres-ZZ-(bar) 36 #Surf*SurfTen 37 Mu-X 38 Mu-Y 39 Mu-Z 40 Coul-SR  rotein-Protein 41 LJ-SR rotein-Protein 42 LJ-LRrotein-Protein 43 Coul-14 rotein-Protein 44 LJ-14rotein-Protein 45 Coul-SR rotein-MEM 46 LJ-SRrotein-MEM 47 LJ-LR rotein-MEM 48 Coul-14rotein-MEM 49 LJ-14 rotein-MEM 50 Coul-SRrotein-rest 51 LJ-SR rotein-rest 52 LJ-LRrotein-rest 53 Coul-14 rotein-rest 54 LJ-14rotein-rest 55 Coul-SR:MEM-MEM 56 LJ-SR:MEM-MEM 57 LJ-LR:MEM-MEM 58 Coul-14:MEM-MEM 59 LJ-14:MEM-MEM 60 Coul-SR:MEM-rest 61 LJ-SR:MEM-rest 62 LJ-LR:MEM-rest 63 Coul-14:MEM-rest 64 LJ-14:MEM-rest 65 Coul-SR:rest-rest 66 LJ-SR:rest-rest 67 LJ-LR:rest-rest 68 Coul-14:rest-rest 69 LJ-14:rest-rest 70 T-System 71 Lamb-System 求问高手哪个才是protein和mem间的库伦作用能，VDW作用能，以及总的非键作用能？ |
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【答案】应助回帖
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little_lion: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 非常感谢 2013-03-08 14:15:58
little_lion: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 非常感谢 2013-03-08 14:15:58
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一般用短程库伦作用能（Coul-SR）和短程范德华作用能（LJ-SR），即： 45 Coul-SR: Protein-MEM 46 LJ-SR: Protein-MEM 来分别代表protein和mem之间的库伦作用能和VDW作用能，它们的和即为总的非键作用能。 注：LR是指长程作用能；14是指分子内的1—4相互作用能，就是用三根连续共价键连接的原子之间的作用能。 希望能对你有所帮助！！ |
4楼2013-03-08 11:08:13
5楼2013-04-07 15:35:33
6楼2013-06-06 10:35:52
7楼2013-07-13 16:31:17
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楼主，问一下，你的gromacs软件是什么版本的，g_energy命令下怎么这么多的选项？还是说你在你们文件或者命令中做了一些设置，才出现以下选项，比如说：41 LJ-SRrotein-Protein 42 LJ-LRrotein-Protein 43 Coul-14rotein-Protein 44 LJ-14rotein-Protein 45 Coul-SRrotein-MEM 46 LJ-SRrotein-MEM 47 LJ-LRrotein-MEM 48 Coul-14rotein-MEM 49 LJ-14rotein-MEM 50 Coul-SRrotein-rest 51 LJ-SRrotein-rest 52 LJ-LRrotein-rest 53 Coul-14rotein-rest 54 LJ-14rotein-rest 55 Coul-SR:MEM-MEM 56 LJ-SR:MEM-MEM 57 LJ-LR:MEM-MEM 58 Coul-14:MEM-MEM 59 LJ-14:MEM-MEM 60 Coul-SR:MEM-rest 61 LJ-SR:MEM-rest 62 LJ-LR:MEM-rest 63 Coul-14:MEM-rest 64 LJ-14:MEM-rest 65 Coul-SR:rest-rest 66 LJ-SR:rest-rest 67 LJ-LR:rest-rest 68 Coul-14:rest-rest |
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