| 查看: 5157 | 回复: 8 | ||||
little_lion木虫 (小有名气)
|
[求助]
g_energy里面的一些能量项
|
|
我打算用g_energy算一下蛋白质与基地间的作用能，并且在md.mdp文件里定义了Protein和mem这两个energygrps。然后在g_energy分析能量的时候出来了如下选项： Select the terms you want from the following list by selecting either (part of) the name or the number or a combination. End your selection with an empty line or a zero. ------------------------------------------------------------------- 1 Angle 2 G96Angle 3 Proper-Dih. 4 Improper-Dih. 5 LJ-14 6 Coulomb-14 7 LJ-(SR) 8 LJ-(LR) 9 Coulomb-(SR) 10 Coul.-recip. 11 Potential 12 Kinetic-En. 13 Total-Energy 14 Conserved-En. 15 Temperature 16 Pressure-(bar) 17 Cons.-rmsd-() 18 Vir-XX 19 Vir-XY 20 Vir-XZ 21 Vir-YX 22 Vir-YY 23 Vir-YZ 24 Vir-ZX 25 Vir-ZY 26 Vir-ZZ 27 Pres-XX-(bar) 28 Pres-XY-(bar) 29 Pres-XZ-(bar) 30 Pres-YX-(bar) 31 Pres-YY-(bar) 32 Pres-YZ-(bar) 33 Pres-ZX-(bar) 34 Pres-ZY-(bar) 35 Pres-ZZ-(bar) 36 #Surf*SurfTen 37 Mu-X 38 Mu-Y 39 Mu-Z 40 Coul-SR  rotein-Protein 41 LJ-SR rotein-Protein 42 LJ-LRrotein-Protein 43 Coul-14 rotein-Protein 44 LJ-14rotein-Protein 45 Coul-SR rotein-MEM 46 LJ-SRrotein-MEM 47 LJ-LR rotein-MEM 48 Coul-14rotein-MEM 49 LJ-14 rotein-MEM 50 Coul-SRrotein-rest 51 LJ-SR rotein-rest 52 LJ-LRrotein-rest 53 Coul-14 rotein-rest 54 LJ-14rotein-rest 55 Coul-SR:MEM-MEM 56 LJ-SR:MEM-MEM 57 LJ-LR:MEM-MEM 58 Coul-14:MEM-MEM 59 LJ-14:MEM-MEM 60 Coul-SR:MEM-rest 61 LJ-SR:MEM-rest 62 LJ-LR:MEM-rest 63 Coul-14:MEM-rest 64 LJ-14:MEM-rest 65 Coul-SR:rest-rest 66 LJ-SR:rest-rest 67 LJ-LR:rest-rest 68 Coul-14:rest-rest 69 LJ-14:rest-rest 70 T-System 71 Lamb-System 求问高手哪个才是protein和mem间的库伦作用能，VDW作用能，以及总的非键作用能？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 我的科研室 | 力场 |
» 猜你喜欢
0703调剂，一志愿天津大学319分
已经有14人回复
-
085600材料与化工301分求调剂院校
已经有16人回复
-
一志愿211，0703化学305分求调剂
已经有4人回复
-
机械专硕274求调剂，不挑专业学校
已经有8人回复
-
312求调剂
已经有13人回复
-
生物与医药求调剂
已经有7人回复
-
284求调剂
已经有5人回复
-
一志愿北交大材料工程总分358求调剂
已经有10人回复
-
一志愿南科大生物学297分，求调剂推荐
已经有4人回复
-
材料调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 高能量密度锂离子电池 材料、工程及应用High Energy Density Lithium Batteries
已经有53人回复
- 提取Gaussian的rwf文件信息的工具rwfdump简介
已经有13人回复
- 【求助】siesta 计算DOS应该注意什么问题
已经有3人回复
- 【求助】Total energy 是什么的能量
已经有5人回复
- 【原创】如何计算中性杂质的形成能
已经有66人回复
little_lion
木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3147.7
- 散金: 37
- 红花: 2
- 帖子: 140
- 在线: 451小时
- 虫号: 1861071
- 注册: 2012-06-16
- 专业: 理论和计算化学
2楼2013-03-04 10:57:35
spirte雷
木虫 (小有名气)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 2671.7
- 散金: 100
- 帖子: 89
- 在线: 146.7小时
- 虫号: 2197629
- 注册: 2012-12-20
- 性别: GG
- 专业: 环境工程
3楼2013-03-06 18:36:53
旺仔小馒头01
木虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 4917.2
- 红花: 13
- 帖子: 520
- 在线: 111.5小时
- 虫号: 1310118
- 注册: 2011-05-30
- 性别: GG
- 专业: 功能与智能高分子
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
little_lion: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 非常感谢 2013-03-08 14:15:58
little_lion: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 非常感谢 2013-03-08 14:15:58
|
一般用短程库伦作用能（Coul-SR）和短程范德华作用能（LJ-SR），即： 45 Coul-SR: Protein-MEM 46 LJ-SR: Protein-MEM 来分别代表protein和mem之间的库伦作用能和VDW作用能，它们的和即为总的非键作用能。 注：LR是指长程作用能；14是指分子内的1—4相互作用能，就是用三根连续共价键连接的原子之间的作用能。 希望能对你有所帮助！！ |
4楼2013-03-08 11:08:13
5楼2013-04-07 15:35:33
6楼2013-06-06 10:35:52
7楼2013-07-13 16:31:17
|
楼主，问一下，你的gromacs软件是什么版本的，g_energy命令下怎么这么多的选项？还是说你在你们文件或者命令中做了一些设置，才出现以下选项，比如说：41 LJ-SRrotein-Protein 42 LJ-LRrotein-Protein 43 Coul-14rotein-Protein 44 LJ-14rotein-Protein 45 Coul-SRrotein-MEM 46 LJ-SRrotein-MEM 47 LJ-LRrotein-MEM 48 Coul-14rotein-MEM 49 LJ-14rotein-MEM 50 Coul-SRrotein-rest 51 LJ-SRrotein-rest 52 LJ-LRrotein-rest 53 Coul-14rotein-rest 54 LJ-14rotein-rest 55 Coul-SR:MEM-MEM 56 LJ-SR:MEM-MEM 57 LJ-LR:MEM-MEM 58 Coul-14:MEM-MEM 59 LJ-14:MEM-MEM 60 Coul-SR:MEM-rest 61 LJ-SR:MEM-rest 62 LJ-LR:MEM-rest 63 Coul-14:MEM-rest 64 LJ-14:MEM-rest 65 Coul-SR:rest-rest 66 LJ-SR:rest-rest 67 LJ-LR:rest-rest 68 Coul-14:rest-rest |
8楼2015-03-18 11:20:30
|
本帖内容被屏蔽 |
9楼2021-03-19 18:15:38
