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little_lion

木虫 (小有名气)

[求助] g_energy里面的一些能量项

我打算用g_energy算一下蛋白质与基地间的作用能，并且在md.mdp文件里定义了Protein和mem这两个energygrps。然后在g_energy分析能量的时候出来了如下选项：
Select the terms you want from the following list by
selecting either (part of) the name or the number or a combination.
End your selection with an empty line or a zero.
-------------------------------------------------------------------
  1  Angle            2  G96Angle         3  Proper-Dih.      4  Improper-Dih.
  5  LJ-14            6  Coulomb-14       7  LJ-(SR)          8  LJ-(LR)      
  9  Coulomb-(SR)    10  Coul.-recip.    11  Potential       12  Kinetic-En.   
13  Total-Energy    14  Conserved-En.   15  Temperature     16  Pressure-(bar)
17  Cons.-rmsd-()   18  Vir-XX          19  Vir-XY          20  Vir-XZ        
21  Vir-YX          22  Vir-YY          23  Vir-YZ          24  Vir-ZX        
25  Vir-ZY          26  Vir-ZZ          27  Pres-XX-(bar)   28  Pres-XY-(bar)
29  Pres-XZ-(bar)   30  Pres-YX-(bar)   31  Pres-YY-(bar)   32  Pres-YZ-(bar)
33  Pres-ZX-(bar)   34  Pres-ZY-(bar)   35  Pres-ZZ-(bar)   36  #Surf*SurfTen
37  Mu-X                                38  Mu-Y                              
39  Mu-Z                                40  Coul-SRrotein-Protein           
41  LJ-SRrotein-Protein               42  LJ-LRrotein-Protein            
43  Coul-14rotein-Protein             44  LJ-14rotein-Protein            
45  Coul-SRrotein-MEM                 46  LJ-SRrotein-MEM                 
47  LJ-LRrotein-MEM                   48  Coul-14rotein-MEM               
49  LJ-14rotein-MEM                   50  Coul-SRrotein-rest              
51  LJ-SRrotein-rest                  52  LJ-LRrotein-rest               
53  Coul-14rotein-rest                54  LJ-14rotein-rest               
55  Coul-SR:MEM-MEM                     56  LJ-SR:MEM-MEM                     
57  LJ-LR:MEM-MEM                       58  Coul-14:MEM-MEM                  
59  LJ-14:MEM-MEM                       60  Coul-SR:MEM-rest                  
61  LJ-SR:MEM-rest                      62  LJ-LR:MEM-rest                    
63  Coul-14:MEM-rest                    64  LJ-14:MEM-rest                    
65  Coul-SR:rest-rest                   66  LJ-SR:rest-rest                  
67  LJ-LR:rest-rest                     68  Coul-14:rest-rest                 
69  LJ-14:rest-rest                     70  T-System                          
71  Lamb-System   

求问高手哪个才是protein和mem间的库伦作用能，VDW作用能，以及总的非键作用能？
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1楼2013-03-04 10:54:47
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little_lion

木虫 (小有名气)
oh shit, please substitute with ""
赞一下 回复此楼
2楼2013-03-04 10:57:35
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spirte雷

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
Coul-库伦作用能，LJ-VDW作用能
赞一下 回复此楼
用心体验就好
3楼2013-03-06 18:36:53
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旺仔小馒头01

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
little_lion: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 非常感谢 2013-03-08 14:15:58
一般用短程库伦作用能（Coul-SR）和短程范德华作用能（LJ-SR），即：
45  Coul-SR: Protein-MEM                 46  LJ-SR: Protein-MEM                 
来分别代表protein和mem之间的库伦作用能和VDW作用能，它们的和即为总的非键作用能。
注：LR是指长程作用能；14是指分子内的1—4相互作用能，就是用三根连续共价键连接的原子之间的作用能。
希望能对你有所帮助！！
赞一下(1人) 回复此楼
我也来这学习啦，希望大家多多指教。
4楼2013-03-08 11:08:13
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yuhua6613

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 旺仔小馒头01 at 2013-03-08 11:08:13
一般用短程库伦作用能（Coul-SR）和短程范德华作用能（LJ-SR），即：
45  Coul-SR: Protein-MEM                 46  LJ-SR: Protein-MEM                 
来分别代表protein和mem之间的库伦作用能和VDW作用能， ...

47LJ-LRrotein-MEM不算进VDW中吗？为什么？
赞一下 回复此楼
5楼2013-04-07 15:35:33
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柚子57

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 旺仔小馒头01 at 2013-03-08 11:08:13
一般用短程库伦作用能（Coul-SR）和短程范德华作用能（LJ-SR），即：
45  Coul-SR: Protein-MEM                 46  LJ-SR: Protein-MEM                 
来分别代表protein和mem之间的库伦作用能和VDW作用能， ...

那长程作用和短程作用有什么具体的区别呢？
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6楼2013-06-06 10:35:52
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蠢蠢欲动

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 旺仔小馒头01 at 2013-03-08 11:08:13
一般用短程库伦作用能（Coul-SR）和短程范德华作用能（LJ-SR），即：
45  Coul-SR: Protein-MEM                 46  LJ-SR: Protein-MEM                 
来分别代表protein和mem之间的库伦作用能和VDW作用能， ...

请教~~~~
计算protein和mem之间的库伦作用能和VDW作用能，即其两个总的非键作用能时，只考虑短程库伦作用能（Coul-SR）和短程范德华作用能（LJ-SR），为什么不考虑长程库伦作用能和长程VDW作用能呢？

非常感谢！
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7楼2013-07-13 16:31:17
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十年磨练

木虫 (正式写手)
楼主，问一下，你的gromacs软件是什么版本的，g_energy命令下怎么这么多的选项？还是说你在你们文件或者命令中做了一些设置，才出现以下选项，比如说：41  LJ-SRrotein-Protein               42  LJ-LRrotein-Protein            
43  Coul-14rotein-Protein             44  LJ-14rotein-Protein            
45  Coul-SRrotein-MEM                 46  LJ-SRrotein-MEM                 
47  LJ-LRrotein-MEM                   48  Coul-14rotein-MEM               
49  LJ-14rotein-MEM                   50  Coul-SRrotein-rest              
51  LJ-SRrotein-rest                  52  LJ-LRrotein-rest               
53  Coul-14rotein-rest                54  LJ-14rotein-rest               
55  Coul-SR:MEM-MEM                     56  LJ-SR:MEM-MEM                     
57  LJ-LR:MEM-MEM                       58  Coul-14:MEM-MEM                  
59  LJ-14:MEM-MEM                       60  Coul-SR:MEM-rest                  
61  LJ-SR:MEM-rest                      62  LJ-LR:MEM-rest                    
63  Coul-14:MEM-rest                    64  LJ-14:MEM-rest                    
65  Coul-SR:rest-rest                   66  LJ-SR:rest-rest                  
67  LJ-LR:rest-rest                     68  Coul-14:rest-rest
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时刻保持虚心学习的态度
8楼2015-03-18 11:20:30
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七七V

禁虫
本帖内容被屏蔽
9楼2021-03-19 18:15:38
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