24小时热门版块排行榜    

查看: 1198  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

jini1989

银虫 (初入文坛)

[求助] 关于materails studio中臭氧建模的问题,请前辈指教一下

小弟在做有关臭氧的吸附问题,但是在建臭氧模型的时候遇到点小问题,开始键臭氧的时候臭氧的O-O键用的是partical double bond,但是打开monitor bonding(监视键)之后在我的笔记本上自动变成一个单键和三键,但在实验室服务器的电脑上是一个单键一个双键,这是怎么回事,对后来的吸附有影响吗?望高手指教一下,不胜感激。

O3.jpg



O31.jpg
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jini1989

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zxy964777869 at 2013-03-03 10:59:35
这应该和你MS当中的bond option的设置有关,你如果设置为共振式,臭氧分子在相应的bond-length tolerance下显示为共振式,就是你的O3.jpg,设置为kekule式,则相应的变化为单双键。
确实,你如果做MD,键结关系会影 ...

看了一下帮助,确实是这样的,谢谢指教,受益匪浅
5楼2013-03-03 14:58:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

zxy964777869

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-03-03 09:31:21
在吸附之前,对臭氧优化了么,分子这么小,最好MD之前,对单个分子进行第一性原理优化,比如选用DMOL3,选用UHF单重态计算,和已有键长,电荷值对比,看看结果。
具体的单三键臭氧对结果是否用影响,还要看计算中的力场分配的分子类型以及力场参数的准确性。
2楼2013-03-02 23:15:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jini1989

银虫 (初入文坛)

jini1989: 回帖置顶 2013-03-03 14:59:50
引用回帖:
2楼: Originally posted by zxy964777869 at 2013-03-02 23:15:52
在吸附之前,对臭氧优化了么,分子这么小,最好MD之前,对单个分子进行第一性原理优化,比如选用DMOL3,选用UHF单重态计算,和已有键长,电荷值对比,看看结果。
具体的单三键臭氧对结果是否用影响,还要看计算中的 ...

没有优化就是建好模型,准备优化看看键的变化,都没优化键怎么会变呢?
3楼2013-03-03 10:03:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zxy964777869

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
jini1989: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢,很有帮助 2013-03-03 15:00:13
这应该和你MS当中的bond option的设置有关,你如果设置为共振式,臭氧分子在相应的bond-length tolerance下显示为共振式,就是你的O3.jpg,设置为kekule式,则相应的变化为单双键。
确实,你如果做MD,键结关系会影响力场类型的分配正确与否,但是你可以根据文献相应的设置原子类型,改变成键等等。
如果你做分子轨道QM计算,有没有显示键都是浮云,成键只是符合传统价键理论的一个显示,而分子轨道理论依据的分子波函数,满足BO近似,只和电子状态的排布有关,打个比方,人为的显示三键或者显示双键,电子状态有什么改变么?明显的是没有。
所以具体成键有没有影响,还要看你研究的方法,是分子轨道理论,还是价键理论,或者分子力学等。
4楼2013-03-03 10:59:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 5/250 2026-08-30 19:01 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 5/250 2026-08-30 18:51 by hZiFeudZyoGR
[博后之家] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 18:28 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 18:20 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 18:17 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-30 17:34 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 17:14 by hZiFeudZyoGR
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 4/200 2026-08-30 13:54 by GkCVyODlx4mR
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 8/400 2026-08-30 12:14 by l0VvVHGBGRLv
[基金申请] 29号明天会评吗 +3 笨笨唐 2026-08-28 3/150 2026-08-30 09:29 by cww8181
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 11/550 2026-08-30 06:00 by ZPa0EcMwuECS
[教师之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-30 05:48 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +4 tannykie 2026-08-29 4/200 2026-08-29 17:14 by lmz0216
[基金申请] 基金不中,共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 明天应该可查了!? +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
请填处理意见