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jini1989

银虫 (初入文坛)

[求助] 关于materails studio中臭氧建模的问题,请前辈指教一下

小弟在做有关臭氧的吸附问题,但是在建臭氧模型的时候遇到点小问题,开始键臭氧的时候臭氧的O-O键用的是partical double bond,但是打开monitor bonding(监视键)之后在我的笔记本上自动变成一个单键和三键,但在实验室服务器的电脑上是一个单键一个双键,这是怎么回事,对后来的吸附有影响吗?望高手指教一下,不胜感激。

O3.jpg



O31.jpg
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jini1989

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zxy964777869 at 2013-03-03 10:59:35
这应该和你MS当中的bond option的设置有关,你如果设置为共振式,臭氧分子在相应的bond-length tolerance下显示为共振式,就是你的O3.jpg,设置为kekule式,则相应的变化为单双键。
确实,你如果做MD,键结关系会影 ...

看了一下帮助,确实是这样的,谢谢指教,受益匪浅
5楼2013-03-03 14:58:36
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zxy964777869

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-03-03 09:31:21
在吸附之前,对臭氧优化了么,分子这么小,最好MD之前,对单个分子进行第一性原理优化,比如选用DMOL3,选用UHF单重态计算,和已有键长,电荷值对比,看看结果。
具体的单三键臭氧对结果是否用影响,还要看计算中的力场分配的分子类型以及力场参数的准确性。
2楼2013-03-02 23:15:52
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jini1989

银虫 (初入文坛)

jini1989: 回帖置顶 2013-03-03 14:59:50
引用回帖:
2楼: Originally posted by zxy964777869 at 2013-03-02 23:15:52
在吸附之前,对臭氧优化了么,分子这么小,最好MD之前,对单个分子进行第一性原理优化,比如选用DMOL3,选用UHF单重态计算,和已有键长,电荷值对比,看看结果。
具体的单三键臭氧对结果是否用影响,还要看计算中的 ...

没有优化就是建好模型,准备优化看看键的变化,都没优化键怎么会变呢?
3楼2013-03-03 10:03:34
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zxy964777869

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
jini1989: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢,很有帮助 2013-03-03 15:00:13
这应该和你MS当中的bond option的设置有关,你如果设置为共振式,臭氧分子在相应的bond-length tolerance下显示为共振式,就是你的O3.jpg,设置为kekule式,则相应的变化为单双键。
确实,你如果做MD,键结关系会影响力场类型的分配正确与否,但是你可以根据文献相应的设置原子类型,改变成键等等。
如果你做分子轨道QM计算,有没有显示键都是浮云,成键只是符合传统价键理论的一个显示,而分子轨道理论依据的分子波函数,满足BO近似,只和电子状态的排布有关,打个比方,人为的显示三键或者显示双键,电子状态有什么改变么?明显的是没有。
所以具体成键有没有影响,还要看你研究的方法,是分子轨道理论,还是价键理论,或者分子力学等。
4楼2013-03-03 10:59:35
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