24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1092  |  回复: 4

jini1989

银虫 (初入文坛)

[求助] 关于materails studio中臭氧建模的问题,请前辈指教一下

小弟在做有关臭氧的吸附问题,但是在建臭氧模型的时候遇到点小问题,开始键臭氧的时候臭氧的O-O键用的是partical double bond,但是打开monitor bonding(监视键)之后在我的笔记本上自动变成一个单键和三键,但在实验室服务器的电脑上是一个单键一个双键,这是怎么回事,对后来的吸附有影响吗?望高手指教一下,不胜感激。

O3.jpg



O31.jpg
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有1个 )

jini1989

银虫 (初入文坛)

jini1989: 回帖置顶 2013-03-03 14:59:50
引用回帖:
2楼: Originally posted by zxy964777869 at 2013-03-02 23:15:52
在吸附之前,对臭氧优化了么,分子这么小,最好MD之前,对单个分子进行第一性原理优化,比如选用DMOL3,选用UHF单重态计算,和已有键长,电荷值对比,看看结果。
具体的单三键臭氧对结果是否用影响,还要看计算中的 ...

没有优化就是建好模型,准备优化看看键的变化,都没优化键怎么会变呢?
3楼2013-03-03 10:03:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

zxy964777869

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-03-03 09:31:21
在吸附之前,对臭氧优化了么,分子这么小,最好MD之前,对单个分子进行第一性原理优化,比如选用DMOL3,选用UHF单重态计算,和已有键长,电荷值对比,看看结果。
具体的单三键臭氧对结果是否用影响,还要看计算中的力场分配的分子类型以及力场参数的准确性。
2楼2013-03-02 23:15:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zxy964777869

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
jini1989: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢,很有帮助 2013-03-03 15:00:13
这应该和你MS当中的bond option的设置有关,你如果设置为共振式,臭氧分子在相应的bond-length tolerance下显示为共振式,就是你的O3.jpg,设置为kekule式,则相应的变化为单双键。
确实,你如果做MD,键结关系会影响力场类型的分配正确与否,但是你可以根据文献相应的设置原子类型,改变成键等等。
如果你做分子轨道QM计算,有没有显示键都是浮云,成键只是符合传统价键理论的一个显示,而分子轨道理论依据的分子波函数,满足BO近似,只和电子状态的排布有关,打个比方,人为的显示三键或者显示双键,电子状态有什么改变么?明显的是没有。
所以具体成键有没有影响,还要看你研究的方法,是分子轨道理论,还是价键理论,或者分子力学等。
4楼2013-03-03 10:59:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jini1989

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zxy964777869 at 2013-03-03 10:59:35
这应该和你MS当中的bond option的设置有关,你如果设置为共振式,臭氧分子在相应的bond-length tolerance下显示为共振式,就是你的O3.jpg,设置为kekule式,则相应的变化为单双键。
确实,你如果做MD,键结关系会影 ...

看了一下帮助,确实是这样的,谢谢指教,受益匪浅
5楼2013-03-03 14:58:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jini1989 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 上海大学实验技术岗位非升即走 +3 嘻嘻哈哈乐呵呵 2026-05-15 3/150 2026-05-15 15:40 by 187385hgh
[论文投稿] 有带发论文的吗 +4 山楂之术 2026-05-09 4/200 2026-05-15 15:40 by 妹子不好惹
[基金申请] 青C资助名额大幅增加! +11 西葫芦炒鸡蛋 2026-05-13 15/750 2026-05-15 14:36 by ambravo
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 l7k6xnh0yc 2026-05-14 3/150 2026-05-15 12:03 by onwj4wpxp2
[基金申请] 精华III评审感受-评审感受-评审感受 +14 ferrarichen 2026-05-11 18/900 2026-05-15 11:12 by cmhchen
[基金申请] 这年头没有找到涵评专家,还有中面上的可能吗 +9 dd921ww 2026-05-12 10/500 2026-05-15 10:41 by muyiliuhui
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 l7k6xnh0yc 2026-05-14 3/150 2026-05-15 09:23 by onwj4wpxp2
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 cjf4bx70cj 2026-05-14 4/200 2026-05-15 09:03 by gagyerk94e
[教师之家] 教学课件你会给同学吗 +8 硕士研究生吗 2026-05-13 8/400 2026-05-14 22:23 by 常规沥青
[考博] 26应届毕业生考博求助 +3 wo一定上岸 2026-05-13 3/150 2026-05-14 21:47 by 明海天涯
[基金申请] 重磅!青年科学基金项目(C类)资助增幅预计超过50% +5 水和泥不是水泥 2026-05-13 7/350 2026-05-14 20:57 by 水和泥不是水泥
[高分子] 本人最近太闲了,谁有问题可以提,每天会统一回复 +8 一切都是空工 2026-05-12 19/950 2026-05-14 20:03 by 一切都是空工
[考博] 申博自荐 +4 食品的橙子 2026-05-09 6/300 2026-05-14 16:05 by great1919
[考博] 材料类只有一篇综述能申博么 +4 乐逍遥谷 2026-05-13 4/200 2026-05-14 12:05 by zhyzzh
[基金申请] 请问大佬b0816评完了吗 +3 市民华南虎 2026-05-12 7/350 2026-05-14 07:41 by 市民华南虎
[硕博家园] 导师各种操作恶心咋办 +11 苍白的小青天 2026-05-09 13/650 2026-05-13 17:11 by 六两废铜
[论文投稿] 求助大佬sci投稿哪个好中 +3 江沅188 2026-05-12 4/200 2026-05-13 14:35 by 江沅188
[考博] 西南大学考核制博士 +3 lijunjie84 2026-05-11 6/300 2026-05-12 18:09 by lijunjie84
[文学芳草园] 窗边初夏的小雨 +7 阿美_Lml888 2026-05-09 10/500 2026-05-12 15:27 by 阿美_Lml888
[考博] 现在不知道怎么办,感觉很痛苦 +4 qweww 2026-05-11 5/250 2026-05-11 20:23 by Oversize
信息提示
请填处理意见