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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 关于materails studio中臭氧建模的问题，请前辈指教一下
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jini1989

银虫 (初入文坛)

[求助] 关于materails studio中臭氧建模的问题，请前辈指教一下

小弟在做有关臭氧的吸附问题，但是在建臭氧模型的时候遇到点小问题，开始键臭氧的时候臭氧的O-O键用的是partical double bond，但是打开monitor bonding（监视键）之后在我的笔记本上自动变成一个单键和三键，但在实验室服务器的电脑上是一个单键一个双键，这是怎么回事，对后来的吸附有影响吗？望高手指教一下，不胜感激。

O3.jpg



O31.jpg
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1楼 2013-03-02 15:30:21
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zxy964777869

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-03-03 09:31:21
在吸附之前，对臭氧优化了么,分子这么小，最好MD之前，对单个分子进行第一性原理优化，比如选用DMOL3，选用UHF单重态计算，和已有键长，电荷值对比，看看结果。
具体的单三键臭氧对结果是否用影响，还要看计算中的力场分配的分子类型以及力场参数的准确性。
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2楼2013-03-02 23:15:52
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jini1989

银虫 (初入文坛)
jini1989: 回帖置顶 2013-03-03 14:59:50
引用回帖:
2楼: Originally posted by zxy964777869 at 2013-03-02 23:15:52
在吸附之前，对臭氧优化了么,分子这么小，最好MD之前，对单个分子进行第一性原理优化，比如选用DMOL3，选用UHF单重态计算，和已有键长，电荷值对比，看看结果。
具体的单三键臭氧对结果是否用影响，还要看计算中的 ...

没有优化就是建好模型，准备优化看看键的变化，都没优化键怎么会变呢？
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3楼2013-03-03 10:03:34
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zxy964777869

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
jini1989: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢，很有帮助 2013-03-03 15:00:13
这应该和你MS当中的bond option的设置有关，你如果设置为共振式，臭氧分子在相应的bond-length tolerance下显示为共振式，就是你的O3.jpg，设置为kekule式，则相应的变化为单双键。
确实，你如果做MD，键结关系会影响力场类型的分配正确与否，但是你可以根据文献相应的设置原子类型，改变成键等等。
如果你做分子轨道QM计算，有没有显示键都是浮云，成键只是符合传统价键理论的一个显示，而分子轨道理论依据的分子波函数，满足BO近似，只和电子状态的排布有关，打个比方，人为的显示三键或者显示双键，电子状态有什么改变么？明显的是没有。
所以具体成键有没有影响，还要看你研究的方法，是分子轨道理论，还是价键理论，或者分子力学等。
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4楼2013-03-03 10:59:35
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jini1989

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zxy964777869 at 2013-03-03 10:59:35
这应该和你MS当中的bond option的设置有关，你如果设置为共振式，臭氧分子在相应的bond-length tolerance下显示为共振式，就是你的O3.jpg，设置为kekule式，则相应的变化为单双键。
确实，你如果做MD，键结关系会影 ...

看了一下帮助，确实是这样的，谢谢指教，受益匪浅
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5楼2013-03-03 14:58:36
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