| 查看: 1514 | 回复: 3 | |||
little_lion木虫 (小有名气)
|
[求助]
trjconv命令等间隔输出pdb
|
| 求教如何用trjconv命令等间隔地输出pdb，比如输出，0ps,2ps,4ps,6ps的构型呢？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Gromacs |
» 猜你喜欢
估计是周四
已经有3人回复
-
基金啊基金
已经有3人回复
-
科研孤儿太难了
已经有15人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有10人回复
-
言之凿凿，明天官网会通知放榜？
已经有17人回复
-
时间戳又变了
已经有17人回复
-
今天系统多次维护，明天很可能放榜！
已经有11人回复
-
时间戳变了，能看出什么问题？
已经有23人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有22人回复
-
放榜前的不淡定
已经有12人回复
2楼2013-02-27 16:57:41
469187892
银虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 909.7
- 散金: 15
- 帖子: 54
- 在线: 21.1小时
- 虫号: 1441709
- 注册: 2011-10-14
- 专业: 理论和计算化学
3楼2013-03-02 15:06:17
旺仔小馒头01
木虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 4917.2
- 红花: 13
- 帖子: 520
- 在线: 111.5小时
- 虫号: 1310118
- 注册: 2011-05-30
- 性别: GG
- 专业: 功能与智能高分子
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
little_lion: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 非常感谢你的帮助，祝你科研顺利 2013-03-09 14:16:16
little_lion: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 非常感谢你的帮助，祝你科研顺利 2013-03-09 14:16:16
|
使用-sep选项就可以 可以根据你的.mdp文件中设置的输出步长，例如： nstxout = 1000 ; save coordinates every 2 ps 那你就可以直接使用 trjconv -s topol.tpr -f traj.xtc -o conf.pdb -sep 这样就可以直接每隔2ps输出一个pdb，即输出，0ps, 2ps, 4ps, 6ps, ..., 构型，分别自动命名为conf0.pdb，conf1.pdb，conf2.pdb，conf3.pdb，...。 如果.mdp文件中设置的输出步长小，如为100 就可以再加上-skip 9选项，即： trjconv -s topol.tpr -f traj.xtc -skip 9 -o conf.pdb -sep 就可以达到相同的效果。 希望能帮到你~~~ |
4楼2013-03-09 11:22:14
40