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little_lion木虫 (小有名气)
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trjconv命令等间隔输出pdb
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| 求教如何用trjconv命令等间隔地输出pdb，比如输出，0ps,2ps,4ps,6ps的构型呢？ |
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2楼2013-02-27 16:57:41
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【答案】应助回帖
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little_lion: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 非常感谢你的帮助，祝你科研顺利 2013-03-09 14:16:16
little_lion: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 非常感谢你的帮助，祝你科研顺利 2013-03-09 14:16:16
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使用-sep选项就可以 可以根据你的.mdp文件中设置的输出步长，例如： nstxout = 1000 ; save coordinates every 2 ps 那你就可以直接使用 trjconv -s topol.tpr -f traj.xtc -o conf.pdb -sep 这样就可以直接每隔2ps输出一个pdb，即输出，0ps, 2ps, 4ps, 6ps, ..., 构型，分别自动命名为conf0.pdb，conf1.pdb，conf2.pdb，conf3.pdb，...。 如果.mdp文件中设置的输出步长小，如为100 就可以再加上-skip 9选项，即： trjconv -s topol.tpr -f traj.xtc -skip 9 -o conf.pdb -sep 就可以达到相同的效果。 希望能帮到你~~~ |
4楼2013-03-09 11:22:14