应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 无限体系构建，化学键怎么处理
51/1返回列表
查看: 790  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

saabx

铜虫 (小有名气)

[求助] 无限体系构建，化学键怎么处理

在分子动力学方面，怎么建立无限长体系，看到有些文献是设置体系的轴向和体系的盒子长度一致，但是镜像之间的成键该怎么处理呢？怎么样分享化学键呢？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2013-02-25 15:08:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

saabx

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lsloneil at 2013-02-27 01:20:16
这个，一般可以在定义力场的文件里定义吧，比如原子A和原子B，你定义一个键长和相关的振动参数，在模拟的时候就会自动把它们两个连起来，即便某个时刻一个在盒子左侧一个在盒子右侧。具体怎么做看你用的软件的mann ...

OK，谢谢你，我去看看mannual
赞一下 回复此楼
7楼2013-02-28 15:22:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

ter20

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-02-26 08:20:32
saabx: 金币+5 2013-03-02 15:52:16
lz的概念有点模糊，这两者并不矛盾啊，比如无机晶体就是周期性结构，也是由很多化学键构成的
赞一下 回复此楼
2楼2013-02-25 21:52:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

saabx

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ter20 at 2013-02-25 21:52:09
lz的概念有点模糊，这两者并不矛盾啊，比如无机晶体就是周期性结构，也是由很多化学键构成的

您好，可能我没有表达清楚，在模拟的过程中，我想建立一个无限的纳米管，设置了盒子一个方向上和管的轴向一样的长度，然后再使用周期性，这样管就是无限了，避免两端对体系的影响，但是周期性的交接处，理论上应该是成键的，但是我们这样做，并没有指定成键，那C和C之间的化学键怎么处理呢？
赞一下 回复此楼
3楼2013-02-26 10:42:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2013-03-03 09:25:13
引用回帖:
3楼: Originally posted by saabx at 2013-02-26 10:42:34
您好，可能我没有表达清楚，在模拟的过程中，我想建立一个无限的纳米管，设置了盒子一个方向上和管的轴向一样的长度，然后再使用周期性，这样管就是无限了，避免两端对体系的影响，但是周期性的交接处，理论上应该 ...

应该可以在输入文件里定义左侧边界的原子和右侧边界的原子用化学键相连。
赞一下 回复此楼
4楼2013-02-26 12:07:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭