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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 无限体系构建，化学键怎么处理
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saabx

铜虫 (小有名气)

[求助] 无限体系构建，化学键怎么处理

在分子动力学方面，怎么建立无限长体系，看到有些文献是设置体系的轴向和体系的盒子长度一致，但是镜像之间的成键该怎么处理呢？怎么样分享化学键呢？
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1楼 2013-02-25 15:08:13
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ter20

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-02-26 08:20:32
saabx: 金币+5 2013-03-02 15:52:16
lz的概念有点模糊，这两者并不矛盾啊，比如无机晶体就是周期性结构，也是由很多化学键构成的
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2楼2013-02-25 21:52:09
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saabx

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ter20 at 2013-02-25 21:52:09
lz的概念有点模糊，这两者并不矛盾啊，比如无机晶体就是周期性结构，也是由很多化学键构成的

您好，可能我没有表达清楚，在模拟的过程中，我想建立一个无限的纳米管，设置了盒子一个方向上和管的轴向一样的长度，然后再使用周期性，这样管就是无限了，避免两端对体系的影响，但是周期性的交接处，理论上应该是成键的，但是我们这样做，并没有指定成键，那C和C之间的化学键怎么处理呢？
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3楼2013-02-26 10:42:34
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2013-03-03 09:25:13
引用回帖:
3楼: Originally posted by saabx at 2013-02-26 10:42:34
您好，可能我没有表达清楚，在模拟的过程中，我想建立一个无限的纳米管，设置了盒子一个方向上和管的轴向一样的长度，然后再使用周期性，这样管就是无限了，避免两端对体系的影响，但是周期性的交接处，理论上应该 ...

应该可以在输入文件里定义左侧边界的原子和右侧边界的原子用化学键相连。
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4楼2013-02-26 12:07:34
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saabx

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lsloneil at 2013-02-26 12:07:34
应该可以在输入文件里定义左侧边界的原子和右侧边界的原子用化学键相连。...

怎么定义呢？能不能说的详细点。谢谢
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5楼2013-02-26 19:48:31
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2013-03-03 09:25:22
引用回帖:
5楼: Originally posted by saabx at 2013-02-26 19:48:31
怎么定义呢？能不能说的详细点。谢谢...

这个，一般可以在定义力场的文件里定义吧，比如原子A和原子B，你定义一个键长和相关的振动参数，在模拟的时候就会自动把它们两个连起来，即便某个时刻一个在盒子左侧一个在盒子右侧。具体怎么做看你用的软件的mannual.
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6楼2013-02-27 01:20:16
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saabx

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lsloneil at 2013-02-27 01:20:16
这个，一般可以在定义力场的文件里定义吧，比如原子A和原子B，你定义一个键长和相关的振动参数，在模拟的时候就会自动把它们两个连起来，即便某个时刻一个在盒子左侧一个在盒子右侧。具体怎么做看你用的软件的mann ...

OK，谢谢你，我去看看mannual
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7楼2013-02-28 15:22:08
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