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fcg200808

金虫 (初入文坛)

[求助] 系综平均

请问分子动力学软件中,那个可以模拟体系内能随时间变化,系综平均和升温模拟?具体的步骤是什么呢?
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奉献才是得到
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
fcg200808: 金币+3, 有帮助, 还可以 2013-02-23 11:13:33
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-03-03 09:10:40
好像都可以吧。。。
分子动力学得到的是每个原子的位置和速度随时间的变化量,有了这两个值就可以得到体系的所有性质
具体可以参照各个软件的教程,比如NAMD
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/#namd
2楼2013-02-22 16:27:19
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agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
fcg200808: 金币+3, 有帮助, 还可以 2013-02-23 11:14:33
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-03-03 09:10:47
都可以的。这都是一些最基本的物理量了。实在不行的话LZ可以自己写程序从输出文件里算
理论与计算化学,化学物理,生物物理
3楼2013-02-23 07:59:47
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agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿


zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2013-03-03 09:10:58
补充说明几个常用的MD软件:

Amber (不免费)
NAMD(免费)
CHARMM(不免费)
GROMACS(免费)
理论与计算化学,化学物理,生物物理
4楼2013-02-23 08:02:33
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fcg200808

金虫 (初入文坛)

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奉献才是得到
5楼2013-02-23 11:11:32
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fhh2626

木虫 (正式写手)

上面我发的那个网址里面有下载的
6楼2013-02-23 23:55:06
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