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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 系综平均
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fcg200808

金虫 (初入文坛)

[求助] 系综平均

请问分子动力学软件中，那个可以模拟体系内能随时间变化，系综平均和升温模拟？具体的步骤是什么呢？
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奉献才是得到
1楼 2013-02-22 15:36:14
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fcg200808: 金币+3, ★有帮助, 还可以 2013-02-23 11:13:33
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-03-03 09:10:40
好像都可以吧。。。
分子动力学得到的是每个原子的位置和速度随时间的变化量，有了这两个值就可以得到体系的所有性质
具体可以参照各个软件的教程，比如NAMD
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/#namd
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2楼2013-02-22 16:27:19
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agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fcg200808: 金币+3, ★有帮助, 还可以 2013-02-23 11:14:33
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-03-03 09:10:47
都可以的。这都是一些最基本的物理量了。实在不行的话LZ可以自己写程序从输出文件里算
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理论与计算化学，化学物理，生物物理
3楼2013-02-23 07:59:47
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agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿
★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2013-03-03 09:10:58
补充说明几个常用的MD软件：

Amber （不免费）
NAMD（免费）
CHARMM（不免费）
GROMACS（免费）
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理论与计算化学，化学物理，生物物理
4楼2013-02-23 08:02:33
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fcg200808

金虫 (初入文坛)
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奉献才是得到
5楼2013-02-23 11:11:32
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fhh2626

木虫 (正式写手)
上面我发的那个网址里面有下载的
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6楼2013-02-23 23:55:06
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