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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » Arlequin 3.11 用过这个软件请进，求指导~~~
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公子_小白

新虫 (初入文坛)

[求助] Arlequin 3.11 用过这个软件请进，求指导~~~

我想用这个软件中的AMOVA计算遗传变异在群体内和群体间的分布，可是实在不会用，连数据都不知道怎么导入软件，求大神指点迷津~~~~~~
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1楼 2013-02-04 21:58:16
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lufuhao

木虫 (著名写手)

极品木虫

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2013-03-06 17:15:12
1.你是什么标记
2.群体分层是否已经完成？

用Convert （http://heidi.chnebu.ch/soku.php?id=convert) 转换成Arlequin输入格式，然后你就可以google看怎么操作了

PopGenTransformer (http://code.google.com/p/popgentransformer/)是我很久前写的格式转化perl脚本。可惜没能支持Arlequin，但对于很多其他程序如popgen， powermarker， structure等还算好用
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将心比心
2楼2013-02-04 23:16:19
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公子_小白

新虫 (初入文坛)
我已经用DnaSP转成arp格式了，但是导进去之后不能进行AMOVA运算，蛋疼死了。。。
有没有其他软件可以计算遗传变异分布和遗传分化系数啊~~~~
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3楼2013-02-05 13:16:18
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公子_小白

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lufuhao at 2013-02-04 23:16:19
1.你是什么标记
2.群体分层是否已经完成？

用Convert （http://heidi.chnebu.ch/soku.php?id=convert) 转换成Arlequin输入格式，然后你就可以google看怎么操作了

PopGenTransformer (http://code.google.com ...

我做COI序列分析
群体分层怎么分啊
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4楼2013-03-06 13:27:42
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lufuhao

木虫 (著名写手)

极品木虫

【答案】应助回帖

现在普遍用的Structure （http://pritch.bsd.uchicago.edu/software.html）作为关联作图中的群体分层软件，当然还有其他的一些好的软件
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将心比心
5楼2013-03-12 19:47:09
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maoxiaomiao

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 公子_小白 at 2013-02-05 13:16:18
我已经用DnaSP转成arp格式了，但是导进去之后不能进行AMOVA运算，蛋疼死了。。。
有没有其他软件可以计算遗传变异分布和遗传分化系数啊~~~~

你好，好像用DNASP转换的格式只能计算FST值，计算amova好像不行 请问楼主现在会群体分层了么，求赐教~
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6楼2013-05-22 16:50:51
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虫虫aini

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by maoxiaomiao at 2013-05-22 16:50:51
你好，好像用DNASP转换的格式只能计算FST值，计算amova好像不行 请问楼主现在会群体分层了么，求赐教~...

顶起来，求楼主赐教群体分层
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7楼2013-05-30 15:45:03
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523069653

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lufuhao at 2013-02-04 23:16:19
1.你是什么标记
2.群体分层是否已经完成？

用Convert （http://heidi.chnebu.ch/soku.php?id=convert) 转换成Arlequin输入格式，然后你就可以google看怎么操作了

PopGenTransformer (http://code.google.com ...

亲，请问下 DNAsp 怎么转化成ARP格式啊  感谢
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8楼2014-01-08 16:37:10
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dolphinlin

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 公子_小白 at 2013-02-05 13:16:18
我已经用DnaSP转成arp格式了，但是导进去之后不能进行AMOVA运算，蛋疼死了。。。
有没有其他软件可以计算遗传变异分布和遗传分化系数啊~~~~

请问用DnaSP将序列文件转换成arp格式的路径是怎样的呢？我在DNAsp里边的File-Save/export data As-Arlequin保存，得到的文件是.hap格式的，怎么都弄不出.arp格式的文件来
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9楼2015-02-06 11:27:57
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wl19920830

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 公子_小白 at 2013-02-05 13:16:18
我已经用DnaSP转成arp格式了，但是导进去之后不能进行AMOVA运算，蛋疼死了。。。
有没有其他软件可以计算遗传变异分布和遗传分化系数啊~~~~

您好，您会用amova进行分析了吗
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10楼2018-05-26 13:54:15
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