24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 2691  |  回复: 9

公子_小白

新虫 (初入文坛)

[求助] Arlequin 3.11 用过这个软件请进,求指导~~~

我想用这个软件中的AMOVA计算遗传变异在群体内和群体间的分布,可是实在不会用,连数据都不知道怎么导入软件,求大神指点迷津~~~~~~
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lufuhao

木虫 (著名写手)

极品木虫

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2013-03-06 17:15:12
1.你是什么标记
2.群体分层是否已经完成?

用Convert (http://heidi.chnebu.ch/soku.php?id=convert) 转换成Arlequin输入格式,然后你就可以google看怎么操作了

PopGenTransformer (http://code.google.com/p/popgentransformer/)是我很久前写的格式转化perl脚本。可惜没能支持Arlequin,但对于很多其他程序如popgen, powermarker, structure等还算好用
将心比心
2楼2013-02-04 23:16:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

公子_小白

新虫 (初入文坛)

我已经用DnaSP转成arp格式了,但是导进去之后不能进行AMOVA运算,蛋疼死了。。。
有没有其他软件可以计算遗传变异分布和遗传分化系数啊~~~~
3楼2013-02-05 13:16:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

公子_小白

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lufuhao at 2013-02-04 23:16:19
1.你是什么标记
2.群体分层是否已经完成?

用Convert (http://heidi.chnebu.ch/soku.php?id=convert) 转换成Arlequin输入格式,然后你就可以google看怎么操作了

PopGenTransformer (http://code.google.com ...

我做COI序列分析
群体分层怎么分啊
4楼2013-03-06 13:27:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lufuhao

木虫 (著名写手)

极品木虫

【答案】应助回帖

现在普遍用的Structure (http://pritch.bsd.uchicago.edu/software.html)作为关联作图中的群体分层软件,当然还有其他的一些好的软件
将心比心
5楼2013-03-12 19:47:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maoxiaomiao

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 公子_小白 at 2013-02-05 13:16:18
我已经用DnaSP转成arp格式了,但是导进去之后不能进行AMOVA运算,蛋疼死了。。。
有没有其他软件可以计算遗传变异分布和遗传分化系数啊~~~~

你好,好像用DNASP转换的格式只能计算FST值,计算amova好像不行 请问楼主现在会群体分层了么,求赐教~
6楼2013-05-22 16:50:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

虫虫aini

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by maoxiaomiao at 2013-05-22 16:50:51
你好,好像用DNASP转换的格式只能计算FST值,计算amova好像不行 请问楼主现在会群体分层了么,求赐教~...

顶起来,求楼主赐教群体分层
7楼2013-05-30 15:45:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

523069653

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lufuhao at 2013-02-04 23:16:19
1.你是什么标记
2.群体分层是否已经完成?

用Convert (http://heidi.chnebu.ch/soku.php?id=convert) 转换成Arlequin输入格式,然后你就可以google看怎么操作了

PopGenTransformer (http://code.google.com ...

亲,请问下 DNAsp 怎么转化成ARP格式啊  感谢
8楼2014-01-08 16:37:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dolphinlin

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 公子_小白 at 2013-02-05 13:16:18
我已经用DnaSP转成arp格式了,但是导进去之后不能进行AMOVA运算,蛋疼死了。。。
有没有其他软件可以计算遗传变异分布和遗传分化系数啊~~~~

请问用DnaSP将序列文件转换成arp格式的路径是怎样的呢?我在DNAsp里边的File-Save/export data As-Arlequin保存,得到的文件是.hap格式的,怎么都弄不出.arp格式的文件来
9楼2015-02-06 11:27:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wl19920830

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 公子_小白 at 2013-02-05 13:16:18
我已经用DnaSP转成arp格式了,但是导进去之后不能进行AMOVA运算,蛋疼死了。。。
有没有其他软件可以计算遗传变异分布和遗传分化系数啊~~~~

您好,您会用amova进行分析了吗
10楼2018-05-26 13:54:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 公子_小白 的主题更新
信息提示
请填处理意见