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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 关于vasp计算团簇的选取晶胞的问题
汕头大学海洋科学接受调剂
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jimuchun

银虫 (小有名气)

[求助] 关于vasp计算团簇的选取晶胞的问题

目前想用vasp算点团簇
根据已发文献上提示的参数简单算一下静点能
文献上选的24*24*24的晶胞，25atoms体系
老出现报错信息，
根据outcar文件提示做了相应修改还未成功，错误提示如下：
mpirun noticed that process rank 1 with PID 4940 on node localhost.localdomain exited on signal 11 (Segmentation fault).


mpirun noticed that process rank 0 with PID 5398 on node localhost.localdomain exited on signal 11 (Segmentation fault).


mpirun noticed that process rank 0 with PID 5483 on node localhost.localdomain exited on signal 11 (Segmentation fault).

什么错误呢？

请教如何验证设置的晶胞参数是否合适？
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1楼 2013-01-26 11:04:37
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hn19870519

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-01-28 22:30:58
你是用pbs排队系统投任务还是自己小服务器直接运行。如果是第一种情况的话可能是内存不够，第二种情况的话也可能是内存不够，或者加上ulimit -s unlimited试试看。
但还是要具体问题具体分析，我是猜测。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-01-26 16:24:41
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jimuchun

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hn19870519 at 2013-01-26 16:24:41
你是用pbs排队系统投任务还是自己小服务器直接运行。如果是第一种情况的话可能是内存不够，第二种情况的话也可能是内存不够，或者加上ulimit -s unlimited试试看。
但还是要具体问题具体分析，我是猜测。

我是自己的小服务器直接运行的，难道是内存不足？
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3楼2013-01-28 11:51:07
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hn19870519

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

打开一个终端输入 ulimit -s unlimited，然后在这个终端下运行vasp。看看可以不
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4楼2013-01-28 12:45:09
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hn19870519

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-01-28 22:31:11
内存不足OUTCAR里会有提示的吧。你检查一下OUTCAR。
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5楼2013-01-28 12:45:54
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jimuchun

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hn19870519 at 2013-01-28 12:45:54
内存不足OUTCAR里会有提示的吧。你检查一下OUTCAR。

OUTCAR没有提示内存不足的提示
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6楼2013-01-29 09:40:56
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jimuchun

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hn19870519 at 2013-01-28 12:45:54
内存不足OUTCAR里会有提示的吧。你检查一下OUTCAR。

另外一个问题是，我用CASTEP在自己台式机上可以算
但是在服务器上用vasp就不能
我的单机计算性能肯定不比单机服务器好
感觉不是内存的事
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7楼2013-01-29 09:44:25
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hn19870519

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你输了 ulimit -s unlimited ？ulimit用于shell启动进程所占用的资源.
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8楼2013-01-29 11:03:34
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jimuchun

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by hn19870519 at 2013-01-29 11:03:34
你输了 ulimit -s unlimited ？ulimit用于shell启动进程所占用的资源.

运行了，显示
bash: unlimited: command not found
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9楼2013-01-30 09:15:54
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