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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 请“羊倌 ”来这里下载1041数据！需要在每个氨基N原子上加一个H就对了。谢！
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杜一一

木虫 (著名写手)

[求助] 请“羊倌 ”来这里下载1041数据！需要在每个氨基N原子上加一个H就对了。谢！

请“羊倌 ”来这里下载1041数据！需要在每个氨基N原子上加一个H就对了。谢！

1041.rar是原文件，上次说下载不了了。
YG-1041-refined-2013.1.24.rar 是您给修好的，每个氨基N原子上少了一个H原子，需要在每个氨基N原子上加一个H就对了。
还得生成H键表。谢！

1041.jpg
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  • 附件 1 : 1041.rar
    • 2013-01-25 19:54:56, 3.37 M
  • 附件 2 : YG-1041-refined-2013.1.24.rar
    • 2013-01-25 19:55:03, 960.99 K

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1楼 2013-01-25 19:58:26
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xp2012808

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这个H应该是脱质子，配位了，不用加H
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^_^不要生气||要争气，不要看破||要突破，不要嫉妒||要欣赏，不要托延||要积极，不要心动||要行动^_^
2楼2013-01-25 22:04:32
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羊倌

至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xp2012808 at 2013-01-25 22:04:32
这个H应该是脱质子，配位了，不用加H

1.先看看氢对不对。
2.这位说的好像是对的。


http://1000eb.com/feb8
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杜一一
准备架人
3楼2013-01-25 22:40:19
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杜一一

木虫 (著名写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 羊倌 at 2013-01-25 22:40:19
1.先看看氢对不对。
2.这位说的好像是对的。


http://1000eb.com/feb8...

检查了，想了想。还有问题想请教。1041数据中两个有机物：
其中一个是Hpmt，它本身的氨基N和磺酸基上各有一个质子（见附件Hmpt）磺酸基上的质子是脱去了；另一个是叠氮酸根（也可能是叠氮酸）。

（1）如果是原来的数据，氨基N和叠氮酸根都不加氢原子，这时Hpmt去掉2个质子显示-2价，叠氮酸根是-1价，则每个Co的化合价是+6，这肯定不对；

（2）如果只给氨基N加氢，叠氮酸根不加氢，这时Hpmt只去掉磺酸基上的质子显示-1价，叠氮酸根是-1价，这时每个Co的化合价是+4，这好像也不对；

（3）所以我认为最有可能正确的加氢方式是：
       给氨基N加氢，给叠氮酸根不配位的那一端N原子加氢（也即给氨基N2、N3和N12、N14，叠氮酸根不配位的那一端N7、N10和N15、N18，见下图附件），这时只有Hpmt去掉磺酸基上的质子显示-1价，这样每个Co的化合价是+2，比较合理。

（4）上次您给的数据，给叠氮酸根两端N原子都加氢了，是不是氨基N原子上的氢原子转移到配位的那一端叠氮酸根的N原子上了？如过是这样的话，每个Co的化合价也是+2，好像也很合理。但是我没有见过这样的。

还请您指点迷津。谢谢！

Hpmt.JPG



1041.jpg



1041 加氢的N原子.jpg
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4楼2013-01-26 09:57:31
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杜一一

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 羊倌 at 2013-01-25 22:40:19
1.先看看氢对不对。
2.这位说的好像是对的。


http://1000eb.com/feb8...

又查了点资料，发现叠氮酸根参与配位时没有出现过结合质子的情况。百度了一下，“N3-离子是一个似卤离子，化学性质类似卤离子，是-1价”

这样的话，必须给氨基N2、N3和N12、N14加氢。这时每个Co的化合价是+4。还不行。叠氮酸根不加氢，只有给磺酸基上的S-O键长最长也即S-O单键上的O原子（O2、O6、O9、O11）加氢了。这样才能保证每个Co的化合价是+2。

唉，现在对于这个问题我也很迷茫。还请您指点迷津。谢谢！

1041-1.jpg
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5楼2013-01-26 10:47:07
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羊倌

至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 杜一一 at 2013-01-26 09:57:31
检查了，想了想。还有问题想请教。1041数据中两个有机物：
其中一个是Hpmt，它本身的氨基N和磺酸基上各有一个质子（见附件Hmpt）磺酸基上的质子是脱去了；另一个是叠氮酸根（也可能是叠氮酸）。

（1）如果是原 ...

1.一些几何键异常，可能是由于数据质量不够高所致。
2.一些‘错误’是由于没有定溶剂的原因，定溶剂是一件费时间的事情。


http://1000eb.com/ffxm
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准备架人
6楼2013-01-27 12:42:32
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