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杜一一

木虫 (著名写手)

[求助] 请“羊倌 ”来这里下载1041数据!需要在每个氨基N原子上加一个H就对了。谢!

请“羊倌 ”来这里下载1041数据!需要在每个氨基N原子上加一个H就对了。谢!

1041.rar是原文件,上次说下载不了了。
YG-1041-refined-2013.1.24.rar 是您给修好的,每个氨基N原子上少了一个H原子,需要在每个氨基N原子上加一个H就对了。
还得生成H键表。
谢!

1041.jpg
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  • 2013-01-25 19:54:56, 3.37 M
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xp2012808

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这个H应该是脱质子,配位了,不用加H
^_^不要生气||要争气,不要看破||要突破,不要嫉妒||要欣赏,不要托延||要积极,不要心动||要行动^_^
2楼2013-01-25 22:04:32
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羊倌

至尊木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xp2012808 at 2013-01-25 22:04:32
这个H应该是脱质子,配位了,不用加H

1.先看看氢对不对。
2.这位说的好像是对的。


http://1000eb.com/feb8

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

准备架人
3楼2013-01-25 22:40:19
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杜一一

木虫 (著名写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 羊倌 at 2013-01-25 22:40:19
1.先看看氢对不对。
2.这位说的好像是对的。


http://1000eb.com/feb8...

检查了,想了想。还有问题想请教。1041数据中两个有机物:
其中一个是Hpmt,它本身的氨基N和磺酸基上各有一个质子(见附件Hmpt)磺酸基上的质子是脱去了;另一个是叠氮酸根(也可能是叠氮酸)。

(1)如果是原来的数据,氨基N和叠氮酸根都不加氢原子,这时Hpmt去掉2个质子显示-2价,叠氮酸根是-1价,则每个Co的化合价是+6,这肯定不对;

(2)如果只给氨基N加氢,叠氮酸根不加氢,这时Hpmt只去掉磺酸基上的质子显示-1价,叠氮酸根是-1价,这时每个Co的化合价是+4,这好像也不对;

(3)所以我认为最有可能正确的加氢方式是:
       给氨基N加氢,给叠氮酸根不配位的那一端N原子加氢(也即给氨基N2、N3和N12、N14,叠氮酸根不配位的那一端N7、N10和N15、N18,见下图附件),这时只有Hpmt去掉磺酸基上的质子显示-1价,这样每个Co的化合价是+2,比较合理。


(4)上次您给的数据,给叠氮酸根两端N原子都加氢了,是不是氨基N原子上的氢原子转移到配位的那一端叠氮酸根的N原子上了?如过是这样的话,每个Co的化合价也是+2,好像也很合理。但是我没有见过这样的。

还请您指点迷津。谢谢!

Hpmt.JPG



1041.jpg



1041 加氢的N原子.jpg

4楼2013-01-26 09:57:31
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杜一一

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 羊倌 at 2013-01-25 22:40:19
1.先看看氢对不对。
2.这位说的好像是对的。


http://1000eb.com/feb8...

又查了点资料,发现叠氮酸根参与配位时没有出现过结合质子的情况。百度了一下,“N3-离子是一个似卤离子,化学性质类似卤离子,是-1价”

这样的话,必须给氨基N2、N3和N12、N14加氢。这时每个Co的化合价是+4。还不行。叠氮酸根不加氢,只有给磺酸基上的S-O键长最长也即S-O单键上的O原子(O2、O6、O9、O11)加氢了。这样才能保证每个Co的化合价是+2。

唉,现在对于这个问题我也很迷茫。还请您指点迷津。谢谢!

1041-1.jpg

5楼2013-01-26 10:47:07
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羊倌

至尊木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 杜一一 at 2013-01-26 09:57:31
检查了,想了想。还有问题想请教。1041数据中两个有机物:
其中一个是Hpmt,它本身的氨基N和磺酸基上各有一个质子(见附件Hmpt)磺酸基上的质子是脱去了;另一个是叠氮酸根(也可能是叠氮酸)。

(1)如果是原 ...

1.一些几何键异常,可能是由于数据质量不够高所致。
2.一些‘错误’是由于没有定溶剂的原因,定溶剂是一件费时间的事情。


http://1000eb.com/ffxm
准备架人
6楼2013-01-27 12:42:32
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