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summer2771

木虫 (正式写手)

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[交流] 蛋白质总量，变还是不变！？已有8人参与

请教大家的意见，经常可以看到论文中（包括学位论文），只做某些蛋白的磷酸化表达，而不做蛋白总量表达。是否可以理解为，某蛋白的总量跟内参一样，是相对恒定不变的，即便是有波动，但也并无显著性差异。由此则只要计算出磷酸化表达的相对量即可说明磷酸化率究竟是上升还是下调，从而表明该蛋白的变化。
我的实验中出现了有好多例都是各个组的蛋白总量也是有显著不同的，磷酸化表达也是不同的，我用磷酸化表达/总量表达的Ratio来说明问题，出现的趋势却可能是跟磷酸化、总量本身的变化趋势相反，即磷酸化、总量均上升，但是Ratio却可能是下调的。
看国外国内很多的论文，从条带上来看，基本上总量似乎是没有差异的。
我就有点纳闷了，难道我的实验出现了问题？

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1楼 2013-01-24 23:12:34

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ccharlien

木虫 (正式写手)

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
kx444555: 金币+2, 说的很详细 2013-01-31 08:26:24

引用回帖:

10楼: Originally posted by summer2771 at 2013-01-26 00:22:09
我做的信号通路蛋白，如果不盯着磷酸化，光总蛋白说明不了问题啊！
我跑胶的时候，磷酸化和总蛋白不是一版胶跑的，所以各自都有一个内参，但是内参都是齐的，内参效果做的挺好的。
我是做的组织，每一样本组织的 ...

也可以说明问题啊
如果内参不变，而蛋白总量和磷酸化水平都增高，虽然是同向的，也就是说磷酸化的比例不变，但绝对水平上来说翻译和翻译后修饰都是增高的
1.分光光度计测的不一定准，最后还是以western跑出来的内参为标准调整上样
2.总蛋白和磷酸化需要在同一张膜上至少做一次，确认结果之后为了图片更好看可以分两块跑
3.可以多用几种内参确定你的实验结果，也就是说几种内参都一致，而你的总蛋白和磷酸化蛋白水平都上升