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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 求精修一个晶体数据。7个水分子和一个甲醇分子无序。check cif很多错误！ 愁啊！
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杜一一

木虫 (著名写手)

[求助] 求精修一个晶体数据。7个水分子和一个甲醇分子无序。check cif很多错误！ 愁啊！

各位虫子好！

这是一个单核配合物[Co(pmt)2(N3)2]2•(CH3OH)•7H2O。

由两个相同的半分子组成。其中，Hmpt=2-(2-吡啶甲氨基)乙基磺酸(Hpmt)、N3为叠氮酸根。（原始数据见附件）

其中的7个水分子和一个甲醇分子无序。check cif很多错误(见附件)，发文章的话根本不能用。

做了好几次，重测之后数据都不好。哪位高手能帮助俺精修一下，达到能够发文章的档次呢？

要毕业了，还没有一篇文章，愁死了！  
1041.jpg[ Last edited by 杜一一 on 2013-1-22 at 20:44 ]
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  • 附件 1 : 1041checkcif.pdf
    • 2013-01-22 20:40:46, 98.45 K
  • 附件 2 : 1041.rar
    • 2013-01-22 20:43:58, 3.37 M

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1楼 2013-01-22 20:41:14
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羊倌

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
杜一一: 金币+50, ★★★很有帮助, 这几天辛苦您啦！HAPPY NEW YEAR！ 发文章有问题了再来请教您。谢谢！ 2013-01-28 10:54:16
http://1000eb.com/fapm
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杜一一
准备架人
2楼2013-01-23 22:35:10
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杜一一

木虫 (著名写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 羊倌 at 2013-01-23 22:35:10
http://1000eb.com/fapm

非常感谢您的帮助！
还有一个问题：
氨基氮原子上少了一个氢原子。
分子式您给出的是C16 H20 Co N10 O6 S2；
               应该是C16 H22 Co N10 O6 S2；
能不能再帮忙改一下？
这个氨基氮原子上的H好像形成了N-H...O氢键，能够把氢键数据生成吗？这样便于讨论弱作用。

对了。这个数据现在我check了下，没有A、B类错误了。C类错误还不少。能达到发文章的要求吗？

非常感谢热心的您！
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3楼2013-01-24 11:10:00
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羊倌

至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 杜一一 at 2013-01-24 11:10:00
非常感谢您的帮助！
还有一个问题：
氨基氮原子上少了一个氢原子。
分子式您给出的是C16 H20 Co N10 O6 S2；
               应该是C16 H22 Co N10 O6 S2；
能不能再帮忙改一下？
这个氨基氮原子上的H好像形 ...

1.  HFIX 13 N? 加在ins文件，即可加氢
2.发表应该可以。
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杜一一
准备架人
4楼2013-01-24 12:11:18
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杜一一

木虫 (著名写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 羊倌 at 2013-01-24 12:11:18
1.  HFIX 13 N? 加在ins文件，即可加氢
2.发表应该可以。...

这个问题还是比较专业的。
还得麻烦您给氢原子加上，发一份新数据吧。
谢啦！
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5楼2013-01-24 12:35:52
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杜一一

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 羊倌 at 2013-01-24 12:11:18
1.  HFIX 13 N? 加在ins文件，即可加氢
2.发表应该可以。...

对了，还有氢键。
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6楼2013-01-24 13:08:57
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杜一一

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 羊倌 at 2013-01-24 12:11:18
1.  HFIX 13 N? 加在ins文件，即可加氢
2.发表应该可以。...

" HFIX 13 N? 加在ins文件，即可加氢".这个还得请您帮忙，对这个俺是门外汉。


发一份新数据给我吧。要一份包含氢键列表的数据。谢啦！
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7楼2013-01-24 18:51:28
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杜一一

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 羊倌 at 2013-01-24 12:11:18
1.  HFIX 13 N? 加在ins文件，即可加氢
2.发表应该可以。...

还有一个数据check后有一个A类错误，三个B类错误，如下：
Alert level A
PLAT780_ALERT_1_A Coordinates do not Form a Properly Connected Set          ?
#===============================================================================
Alert level B
PLAT232_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X)  Ni1    --  O4      ..       11.3 su   
PLAT232_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X)  Ni1    --  O5      ..       10.8 su   
PLAT232_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X)  Ni1    --  N1      ..       10.3 su   
查了坛子里的回复，
大概是这个意思：
“是有的原子没有和主体分子在一起, 而这些原子本来应该是连在一起的. 比如一个苯环, 应该连在一起的, 但你解结构时却分成了两个部分.

大概是这个意思.
在xp中用
ENVI
SGEN
几次就可以了.

有时直接
grow
fuse
就可以.”

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3025194&page=1
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1076773

若果您会的话，花费您点时间给精修一下吧。这个是同学的数据，正在弄修改稿。谢啦！
(无以为报，弄好了给您发bb。)
数据是7941，见附件。
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8楼2013-01-24 19:01:46
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杜一一

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 羊倌 at 2013-01-24 12:11:18
1.  HFIX 13 N? 加在ins文件，即可加氢
2.发表应该可以。...

附件 3 :  w7941.rar (2013-01-24 19:12:12, 653.92 K )

在这个地址的第三个附件。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5454953&page=1#pid1
抱歉!不知道怎么上传附件。
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9楼2013-01-24 19:14:15
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