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查看: 2009  |  回复: 7

zhouwohua

银虫 (小有名气)

[求助] Gaussian输出文件中键长和Gaussian View中键长不一样是什么原因?

用gaussian 03做了一个OPT优化,在优化收敛之后,出现结构参数如下:
Optimization completed.
    -- Stationary point found.
                           ----------------------------
                           !   Optimized Parameters   !
                           ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                            --------------------------
! Name  Definition              Value          Derivative Info.                !
--------------------------------------------------------------------------------
! R1    R(1,3)                  2.4507         -DE/DX =    0.0                 !
! R2    R(1,7)                  2.0577         -DE/DX =    0.0                 !
! R3    R(1,10)                 2.0577         -DE/DX =    0.0                 !
! R4    R(1,61)                 2.0577         -DE/DX =    0.0                 !
! R5    R(1,64)                 2.0577         -DE/DX =    0.0                 !
.……
! A1    A(3,1,7)               88.0775         -DE/DX =    0.0                 !
! A2    A(3,1,10)              88.0775         -DE/DX =    0.0                 !
! A3    A(3,1,61)              88.0775         -DE/DX =    0.0                 !
! A4    A(3,1,64)              88.0775         -DE/DX =    0.0                 !
! A5    A(7,1,10)              89.9353         -DE/DX =    0.0                 !
! A6    A(7,1,64)              89.9356         -DE/DX =    0.0                 !
……
! D1    D(7,1,3,6)             15.0978         -DE/DX =    0.0                 !
! D2    D(7,1,3,9)            -74.9021         -DE/DX =    0.0                 !
! D3    D(7,1,3,60)          -164.9023         -DE/DX =    0.0                 !
! D4    D(7,1,3,63)           105.0979         -DE/DX =    0.0                 !

上面三段分别代表键长、键角、二面角,但是这些数据和在g View中看到的不同:
比如:R(1.3)的value=2.4507  ,
而在Gview中打开结果文件1号原子和3号原子键长为:2.450699,
键角和二面角都存在类似问题。

1、造成两者不同的原因是什么?
2、如果Optimized Parameters下面的数据不可靠,那有没有什么方法可以从gview中同时快速的提取多个键长数据?
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学无止境;天天学习;努力向上。
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zhouwohua

银虫 (小有名气)

怎么没人回复呢?解决了可以再追加金币的
学无止境;天天学习;努力向上。
2楼2013-01-18 09:16:55
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275560060

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhouwohua: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-01-25 09:36:47
这个应该是一致的,只不过输出的格式不同而已,一个是四舍五入后只保留小数点后4位,另一个保留位数多一些。
修修修
3楼2013-01-23 14:56:05
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狼外婆

金虫 (著名写手)

同上!
4楼2013-01-23 19:30:16
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zhouwohua

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 275560060 at 2013-01-23 14:56:05
这个应该是一致的,只不过输出的格式不同而已,一个是四舍五入后只保留小数点后4位,另一个保留位数多一些。

我后来也发现了,不过为什么gview是根据输出文件打开的,为什么gview里面反而会比输出文件更加精确呢?
学无止境;天天学习;努力向上。
5楼2013-01-25 09:37:15
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zhouwohua

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 狼外婆 at 2013-01-23 19:30:16
同上!

谢谢回复啊!
不过gview是根据输出文件打开的,为什么gview里面反而会比输出文件更加精确呢?
学无止境;天天学习;努力向上。
6楼2013-01-25 09:38:45
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by zhouwohua at 2013-01-25 09:38:45
谢谢回复啊!
不过gview是根据输出文件打开的,为什么gview里面反而会比输出文件更加精确呢?...

gview自己算的呗,已经知道两个原子的位置,随便算一下,想保留多少位就保留多少位呗。纠结这种问题干啥?
7楼2013-01-25 10:45:07
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青春痘

新虫 (初入文坛)

应该是一样的,四舍五入的原因
8楼2013-06-20 10:52:44
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