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itismineok捐助贵宾 (正式写手)
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[交流]
分子动力学软件使用感言
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NAMD NAMD是一款并行的轻量级软件，并行当然是指可以多线程多CPU运行，轻量级是指整 个可执行程序才3mb（压缩）“小“，起初因为我的机子是单CPU所以选择了gromacs, 现在由于计算需要（smd），又开始用NAMD,这时我才发现他不光是free的，而且具有 诸多优点： 1，容易上手. 对于一个新手来说安装不上，是非常恼人的，而NAMD在windows和linux平台下都有现 成的可执行程序，下下来直接用就行了！当然如果你想自己编译也可以，注册一下就可以 得到源码。另一点很重要，就是有丰富的资料和example，以前用别的MD最让人烦恼的就 是，光看说明书就是弄不出来，而NAMD针对每一种方法都有详细的example,包你能跑出 个结果。 2，灵活 NAMD提供可编程的TCL，大家不要小瞧了这个功能，许多MD的方法都是概念性的，软 件开发的人不可能很快就跟上潮流，于是社群里的牛人们就利用TCL将各种新的算法弄出 来了！我用的SMD方法虽说很成熟了，但涉及到哪些基团固定在一起牵引，选者距离参数 ，等等都靠自己编写代码完成。 3，快 我一个41639个原子的体系，16ps,10个样，不到一天跑完。 4，补充 也可以用来做QM/MM计算，目前有人用NAMD+Gamess-us NAMD网址：http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ 以上资料均由KLAG Bioinformatics Lab提供，转载请注明出处。 相关主题：建议开设计算化学的板块 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=540215&fpage=1 相关主题：蛋白质结构编辑工具 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=542444&fpage=1 相关主题：拼接两个蛋白质 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=542632&fpage=1 相关主题：分子动力学方法研究蛋白质与配体相互作用 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=542240 [ Last edited by itismineok on 2008-2-12 at 19:11 ] |
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 药物设计软件 | 新药创新之路 | NAMD |
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4楼2007-08-17 00:01:54
itismineok
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GROMACS GROMACS是一款开放源码的分子动力学模拟程序，其field files支持amber格式， 大家都知道现在MD程序中用到的top,parm文件基本上都产自charmm和amber程序。 說支持但用起来需要手工修改，不能用源文件，比较麻烦。如果你用过GROMACS， 那么印象最深的应该是他满屏幕的显示，还有繁琐的工序pdb2gmx-->editconf--> genbox--->genion--->mdrun每跑一个样本下来，相当于编了几十行的程序。还 有一点就是如果你的体系中有盐离子浓度规定的话，在genion这一步你需要修改.top 文件，我的天，真的很麻烦。不过幸好我最后把perl研究了一下，写了个脚本，让这 一切统统一步搞定。所需要做得就是在运行脚本前设置好相应的参数，比如离子浓度。 当然这个软件最大的特点就是有强大的fans社群，你有问题基本上都能从哪儿找到答案！ 从源码编译gromacs也比较简单，gromacs驱动QM接口模块可以支持与mopac7,gamess-uk, gaussian的QM/MM计算。 更多详情请参看：http://www.gromacs.org/ 以上资料均由KLAG Bioinformatics Lab提供，转载请注明出处。 相关主题：gromacs上手简介 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=424644&fpage=4 相关主题：在gromacs中使用Amber力场 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=533121&fpage=1 [ Last edited by itismineok on 2007-8-7 at 15:51 ] |
2楼2007-08-06 09:41:05
itismineok
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AMBER AMBER 是一款半商业性的软件，根据有关报道，AMBER是做生物大分子模拟的首选 软件。起初因为需要花钱我就没有选择他，现在迫于需要终于申请到了一个waiver版。 我的计算中需要用到QM/MM功能。而其他的MD软件要么没有（NAMD），要么需要安 装量化软件（GROMACS）。当然AMBER9也有SMD功能。初次运行AMBER感觉还可以。 1，安装容易 在linux下从源码安装，步骤简单，按照说明来就行了，编译速度也很快。 2，force field容易加载 现在流行的force field主要有amber和charmm的，在 AMBER Parameter Database 有稀有分子，配体的force field,只需下载你所需要的，然后在执行tleap后用 loadAmberParams、 loadAmberPrep、 loadOff 把相应文件导入就行了。需要注意的是PDB文件不要带氢原子，C端的OXT要去掉。 质子化的残基要自己在PDB中修改好。 3，有许多例子 amber提供在线的教程Amber Tutorials 。同时在test目录下有许多例子，都可以现学现用。 4，QM/MM功能 这是很吸引人的功能，目前正在研究中。 更多详情请参看：http://amber.scripps.edu 以上资料均由KLAG Bioinformatics Lab提供，转载请注明出处。 [ Last edited by itismineok on 2007-8-28 at 10:56 ] |
3楼2007-08-06 09:42:01
xiaowu759
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5楼2007-08-17 19:13:55
10