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分子动力学软件使用感言
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NAMD NAMD是一款并行的轻量级软件，并行当然是指可以多线程多CPU运行，轻量级是指整 个可执行程序才3mb（压缩）“小“，起初因为我的机子是单CPU所以选择了gromacs, 现在由于计算需要（smd），又开始用NAMD,这时我才发现他不光是free的，而且具有 诸多优点： 1，容易上手. 对于一个新手来说安装不上，是非常恼人的，而NAMD在windows和linux平台下都有现 成的可执行程序，下下来直接用就行了！当然如果你想自己编译也可以，注册一下就可以 得到源码。另一点很重要，就是有丰富的资料和example，以前用别的MD最让人烦恼的就 是，光看说明书就是弄不出来，而NAMD针对每一种方法都有详细的example,包你能跑出 个结果。 2，灵活 NAMD提供可编程的TCL，大家不要小瞧了这个功能，许多MD的方法都是概念性的，软 件开发的人不可能很快就跟上潮流，于是社群里的牛人们就利用TCL将各种新的算法弄出 来了！我用的SMD方法虽说很成熟了，但涉及到哪些基团固定在一起牵引，选者距离参数 ，等等都靠自己编写代码完成。 3，快 我一个41639个原子的体系，16ps,10个样，不到一天跑完。 4，补充 也可以用来做QM/MM计算，目前有人用NAMD+Gamess-us NAMD网址：http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ 以上资料均由KLAG Bioinformatics Lab提供，转载请注明出处。 相关主题：建议开设计算化学的板块 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=540215&fpage=1 相关主题：蛋白质结构编辑工具 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=542444&fpage=1 相关主题：拼接两个蛋白质 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=542632&fpage=1 相关主题：分子动力学方法研究蛋白质与配体相互作用 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=542240 [ Last edited by itismineok on 2008-2-12 at 19:11 ] |
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 药物设计软件 | 新药创新之路 | NAMD |
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xiaowu759
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