| 查看: 3034 | 回复: 9 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
gswylq木虫 (正式写手)
|
[求助]
第一性原理分子动力学运用热力学积分求非谐自由能
|
|||
|
最近投了一篇文章，审稿人要求用准谐近似并加非谐自由能校正计算ThO2的热力学性质，我看了一些文献，关于热力学性质非谐自由能的计算大多数都是采用热力学积分（Thermodynamic Integration）来计算的。 我看了一些帖子运用分子动力学采用Thermodynamic Integration计算自由能差的. 经典分子动力学（有明确的势函数形式）中对于两个体系自由能差的计算是引入一个参数λ，构建两个体系的合成势函数u =λ*u2 + (1-λ)*u1,也就是对势能函数进行微扰，采用不同的λ计算 但是，第一性原理分子动力学（NVT系综）和准谐近似之间的势函数解析形式是未知的，只能计算得到相应的数值（某个体积和温度下的），无法构建复合势函数u =λ*u2 + (1-λ)*u1（其中u2为文献分子动力学得到相应体积V和温度下的势能，u1为文献采用准谐近似计算得到相应体积V和温度下的势能），而文献中对ambda则采用不同的值进行了计算，不知道文献是如何构建复合势函数的，或者是如何在VASP的分子动力学中设置λ的？ |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 第一性原理热力学积分2.pdf
- 附件 2 : 第一性原理分子动力学积分4.pdf
- 附件 3 : 第一性原理分子动力学热力学积分1.pdf
- 附件 4 : 第一性原理分子动力学热力学积分3.pdf
2013-01-12 20:20:08, 587.19 K
2013-01-12 20:20:10, 259.36 K
2013-01-12 20:20:11, 217.23 K
2013-01-12 20:20:15, 458.27 K
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 科研技巧 | 仿真建模与计算 |
» 猜你喜欢
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有3人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有8人回复
-
基金不中，共勉
已经有11人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有9人回复
-
2026年叶企孙基金
已经有6人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有13人回复
-
基金系统什么内容也没有
已经有9人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有11人回复
-
怎么查啊
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 第一性原理和分子动力学的关系？
已经有8人回复
- 悲催的第一性原理分子动力学模拟
已经有30人回复
- 关于第一性原理和分子动力学模拟，还有ms软件
已经有9人回复
- 【求助】第一性原理软件能做NPT系宗分子动力学模拟的原件有哪些？
已经有8人回复
- 【求助】有人用Dmol3做过第一性原理分子动力学吗
已经有9人回复
- 【求助成功】求推荐第一性原理分子动力学的书籍
已经有6人回复
lfhuang
木虫 (著名写手)
- 应助: 39 (小学生)
- 金币: 3646.6
- 散金: 2321
- 红花: 37
- 帖子: 1432
- 在线: 681.5小时
- 虫号: 505824
- 注册: 2008-02-17
- 性别: GG
- 专业: 金属材料表面科学与工程
6楼2013-01-14 01:34:58
gavinliu7390
木虫 (著名写手)
叶落鹰飞
- 1ST强帖: 3
- 应助: 51 (初中生)
- 贵宾: 0.481
- 金币: 1564.7
- 散金: 2975
- 红花: 34
- 帖子: 1278
- 在线: 241.4小时
- 虫号: 675997
- 注册: 2008-12-17
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gswylq: 金币+30, ★★★很有帮助, 非常有帮助 2013-01-13 09:15:32
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-01-14 17:20:31
感谢参与，应助指数 +1
gswylq: 金币+30, ★★★很有帮助, 非常有帮助 2013-01-13 09:15:32
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-01-14 17:20:31
|
这个计算还是比较有难度的。vasp没有自带的设置。需要改源代码。 因为ab initio没有具体势函数，所以是很难构造符合势函数的。所以一般都是mixed Force方法。for example, U－lambda=lambda*U0+(1-lambda)*U1, where U0 is ab initio potential and U1 is reference potential and it is generally a classic potential (harmonic potential). 在实际计算中，就是F-lambda=lambda*F0+(1-lambda)*F1。所以如果你想做的话，需要把参考势的导数的负梯度写到代码里。如果改变lambda，再积分得到delta－F。最后求出自由能。 因此我估计你短时间内很难做出来。 |
2楼2013-01-13 00:25:26
souledge
专家顾问 (著名写手)
-
专家经验: +174 - 1ST强帖: 19
- 应助: 303 (大学生)
- 金币: 11306.4
- 散金: 1123
- 红花: 108
- 帖子: 2814
- 在线: 916.1小时
- 虫号: 941486
- 注册: 2010-01-12
- 专业: 结构陶瓷
- 管辖: 第一性原理
3楼2013-01-13 15:07:32
gswylq
木虫 (正式写手)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 2547.4
- 散金: 120
- 红花: 1
- 帖子: 798
- 在线: 731小时
- 虫号: 659377
- 注册: 2008-11-21
- 专业: 金属材料的凝固与结晶学
4楼2013-01-13 16:03:08
投票:
10